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txf8378

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 542607
注册: 2008-04-09
性别: GG
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

[交流] 【求助】Lammps 多机并行的问题已有7人参与

前段时间用三台四核机组了个小集群跑lammps，三台机子可以实现无密码互登，运行mpdboot -n 3 mpd.hosts 后可以正常启动三台机器，lammps 编译的也是并行版本，运行 mpirun -np 12 lmp_g++ xx.out 可以看到三台机子共12核都在运转，可测试发现三台机子并行的计算速度还不如一台机子的速度快，应该是任务分配有问题，但不知道怎么真确分配任务，大侠抬抬手，困扰小弟多时了，泪崩

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1楼2010-03-18 20:59:44

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xunbao15

木虫 (正式写手)

模拟EPI: 2
应助: 1 (幼儿园)
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红花: 1
帖子: 457
在线: 57.3小时
虫号: 292130
注册: 2006-10-31
性别: GG
专业: 工程热物理相关交叉领域

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-13 12:03:36

记住一点，并行计算速度不是跟CPU个数成线性关系，不是CPU越多越好。通常在正式提交任务之前，你要测试出该工况的CPU个数最优值。很明显，由于你这个case的pair计算时间很少（势函数很简单，LJ吧？），而通讯的时间只是跟体系的大小有关，相对而言，你的通讯时间就较大了。如果你换个三体势试试，肯定能看到并行效果。

引用回帖:

Originally posted by txf8378 at 2010-03-25 14:40:38:
Loop time of 365.007 on 4 procs for 500000 steps with 8141 atoms

Pair time (%) = 212.308 (58.1655)
Neigh time (%) = 18.5539 (5.08316)
Comm time (%) = 87.2606 (23.9066)
Outpt time (%) = 6.84 ...