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txf8378

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Lammps 多机并行的问题 已有7人参与

前段时间用三台四核机组了个小集群跑lammps,三台机子可以实现无密码互登,运行mpdboot -n 3 mpd.hosts 后可以正常启动三台机器,lammps 编译的也是并行版本,运行 mpirun -np 12 lmp_g++ xx.out 可以看到三台机子共12核都在运转,可测试发现三台机子并行的计算速度还不如一台机子的速度快,应该是任务分配有问题,但不知道怎么真确分配任务,大侠抬抬手,困扰小弟多时了,泪崩
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txf8378

金虫 (小有名气)

可是这个通信问题怎么解决啊,还有就是一定要做NFS吗
3楼2010-03-22 09:33:41
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-19 20:52
这个可能是通讯方面的问题。你看看运行结果(log文件),有个时间使用的报告。
2楼2010-03-19 20:51:16
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shrek826

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-22 12:21
正如沙发所说的,你最好看看log文件最后的时间报告,再决定下一步怎么做
lammps计算一般来说瓶颈不在内存,而在通信
我们这边有人测试过,用10台单机还不如一台有IB高速模块的8核服务器
4楼2010-03-22 12:06:49
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txf8378

金虫 (小有名气)

Loop time of 365.007 on 4 procs for 500000 steps with 8141 atoms

Pair  time (%) = 212.308 (58.1655)
Neigh time (%) = 18.5539 (5.08316)
Comm  time (%) = 87.2606 (23.9066)
Outpt time (%) = 6.84316 (1.8748)
Other time (%) = 40.0412 (10.97)




Loop time of 471.359 on 8 procs for 500000 steps with 8141 atoms

Pair  time (%) = 107.436 (22.7928)
Neigh time (%) = 10.0425 (2.13055)
Comm  time (%) = 254.736 (54.0427)
Outpt time (%) = 9.67559 (2.0527)
Other time (%) = 89.4697 (18.9812)


Loop time of 626.302 on 12 procs for 500000 steps with 8141 atoms

Pair  time (%) = 73.9194 (11.8025)
Neigh time (%) = 6.12005 (0.977171)
Comm  time (%) = 418.673 (66.8484)
Outpt time (%) = 9.79431 (1.56383)
Other time (%) = 117.795 (18.8081)
5楼2010-03-25 14:40:38
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