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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】提取瘤胃宏基因组DNA，如何避免提到植物的DNA
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【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 段家一凡 的 9 个金币

段家一凡

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】提取瘤胃宏基因组DNA，如何避免提到植物的DNA已有1人参与

如题，我想用直接提取法提取瘤胃未培养微生物的宏基因组DNA，用于测序，那么常规提取的话，应该会混有很多植物的DNA，这样宏基因组测序的会测到很多植物的基因组DNA，造成不必要的浪费和测序结果分析的困难。间接提取法（先分离细胞）也是不行的，因为瘤胃纤维素降解微生物应该和植物细胞壁紧密结合，请问怎么可以选择性的提取到微生物的DNA。
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1楼2010-03-15 21:25:36
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段家一凡

木虫 (正式写手)
顶一下，请提供一个思路
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2楼2010-03-15 21:43:18
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
段家一凡(金币+1): 2010-03-16 00:36
amisking(金币+4): 2010-03-17 12:36
你想测序什么，测序微生物的某个基因，还是整个基因组？
我认为你没有必要在乎植物DNA污染微生物基因组，不论你的目的是什么，之后你都要使用特异的引物钓到你要测序的微生物片段，也就是说你使用的引物是对微生物基因组特异的，所以测序不会测到植物的DNA序列，没有必要担心了
说一下你具体要测什么，我们再分析一下，植物DNA到底存不存在干扰
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3楼2010-03-15 22:27:09
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段家一凡

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-03-15 22:27:09:
你想测序什么，测序微生物的某个基因，还是整个基因组？
我认为你没有必要在乎植物DNA污染微生物基因组，不论你的目的是什么，之后你都要使用特异的引物钓到你要测序的微生物片段，也就是说你使用的引物是对微生 ...

谢谢。我的是宏基因组测序，宏基因组我解释一下，是一个环境样品所有微生物的的基因组，是一个混合基因组，比如土壤，可能有上1000中细菌和真菌，我的目的就是要吧这一千种微生物的基因组全部的序列都拿到手，当然是理论上的。我现在讲的瘤胃是牛的降解植物性食物的地方，植物性食物是共生其中的微生物降解的，微生物是结合在植物细胞壁的，不是一种菌，可能也是上1000种菌，我的目的是对微生物的基因组测序，而不想测到植物的基因组序列，一般的宏基因组提取方法都不可避免提到植物的DNA，如果提到的植物的DNA多的话，那么最终很大部分的测序就是做的无用功，比如我测得100G的序列，其中植物的占了一半，那不是亏大了。不知我解释清楚没有。我不是测一个基因组，也不是克隆某个基因，使用高通量测序技术如solexa和454对整个的微生物系统做研究。问题的关键是植物和微生物混在一起，有没有只是把微生物的细胞破裂，而植物的细胞没有破裂的一种方法？
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4楼2010-03-16 00:36:08
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silicare

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优秀版主
★
段家一凡(金币+1): 2010-03-16 11:29
amisking(金币+1): 2010-03-16 12:31
当你彻底了解了solexa原理就ok了

[ Last edited by silicare on 2010-3-16 at 09:13 ]
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5楼2010-03-16 09:11:46
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段家一凡

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-03-16 09:11:46:
当你彻底了解了solexa原理就ok了

[ Last edited by silicare on 2010-3-16 at 09:13 ]

原理我就不用去了解了，这是测序的事情，不就是将基因组打成小片段，大规模测序，拼接。我的问题不是测序的问题，而是DNA提取的问题，微生物和植物混杂在一起，怎么特异的提到微生物的DNA？如果不了解宏基因组，可能也不会理解我的问题，悲惨啊。
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6楼2010-03-16 09:51:24
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段家一凡

木虫 (正式写手)
有没有做宏基因组测序的虫子，请给点意见。
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7楼2010-03-16 11:28:29
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★
amisking(金币+1): 2010-03-16 12:31
是你没有搞清楚原理，所以才这样问的，你说的宏基因组我明白，但是你想测序菌的时候，必须要对细菌基因进行PCR，肯定有这样一个步骤，植物DNA还是不会干扰你的微生物基因组。再者，如何测序你不需要搞清楚，但是测序采用的策略你还是应该搞清楚的

[ Last edited by yujiaping1 on 2010-3-16 at 12:33 ]
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8楼2010-03-16 11:44:31
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段家一凡

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-03-16 11:44:31:
是你没有搞清楚原理，所以才这样问的，你说的宏基因组我明白，但是你想测序菌的时候，必须要对细菌基因进行PCR，肯定有这样一个步骤，植物DNA还是不会干扰你的微生物基因组。再者，如何测序你不需要搞清楚，但是测 ...

我不是克隆或测序某一个微生物的某一个特别的基因，所以应该不用特异的PCR，也就没有你所说的该步骤了。基因组测序也不需要设计特别的引物的，都是用通用引物来测，这点我也是知道的。宏基因组是对未培养微生物的研究，绝大部分的环境微生物的序列是未知的，请问用什么序列来设计引物PCR？其实我的问题与测序真的没有多大的关系，只是测序前样品的准备，我只需要微生物的DNA，而不需要植物的DNA，怎么区分。基因组测序可不管是微生物的还是植物的DNA，只要是DNA都一样可以测出来的，不会涉及到特异PCR的步骤的，现在不知说请楚没有。
我的问题有没有只针对于微生物破壁的方法，而不是吧植物细胞也破了？
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9楼2010-03-16 14:42:57
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
段家一凡(金币+1): 2010-03-16 17:44
通用引物也不是微生物 植物都通用啊。。。 微生物总有测出来过的。 设计应该也不难吧。
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10楼2010-03-16 15:16:14
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