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段家一凡木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助/交流】提取瘤胃宏基因组DNA，如何避免提到植物的DNA 已有1人参与
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| 如题，我想用直接提取法提取瘤胃未培养微生物的宏基因组DNA，用于测序，那么常规提取的话，应该会混有很多植物的DNA，这样宏基因组测序的会测到很多植物的基因组DNA，造成不必要的浪费和测序结果分析的困难。间接提取法（先分离细胞）也是不行的，因为瘤胃纤维素降解微生物应该和植物细胞壁紧密结合，请问怎么可以选择性的提取到微生物的DNA。 |
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 总DNA提取 |
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2楼2010-03-15 21:43:18
yujiaping1
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3楼2010-03-15 22:27:09
段家一凡
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谢谢。我的是宏基因组测序，宏基因组我解释一下，是一个环境样品所有微生物的的基因组，是一个混合基因组，比如土壤，可能有上1000中细菌和真菌，我的目的就是要吧这一千种微生物的基因组全部的序列都拿到手，当然是理论上的。我现在讲的瘤胃是牛的降解植物性食物的地方，植物性食物是共生其中的微生物降解的，微生物是结合在植物细胞壁的，不是一种菌，可能也是上1000种菌，我的目的是对微生物的基因组测序，而不想测到植物的基因组序列，一般的宏基因组提取方法都不可避免提到植物的DNA，如果提到的植物的DNA多的话，那么最终很大部分的测序就是做的无用功，比如我测得100G的序列，其中植物的占了一半，那不是亏大了。不知我解释清楚没有。我不是测一个基因组，也不是克隆某个基因，使用高通量测序技术如solexa和454对整个的微生物系统做研究。问题的关键是植物和微生物混在一起，有没有只是把微生物的细胞破裂，而植物的细胞没有破裂的一种方法？ |
4楼2010-03-16 00:36:08
silicare
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段家一凡
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7楼2010-03-16 11:28:29
yujiaping1
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8楼2010-03-16 11:44:31
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我不是克隆或测序某一个微生物的某一个特别的基因，所以应该不用特异的PCR，也就没有你所说的该步骤了。基因组测序也不需要设计特别的引物的，都是用通用引物来测，这点我也是知道的。宏基因组是对未培养微生物的研究，绝大部分的环境微生物的序列是未知的，请问用什么序列来设计引物PCR？其实我的问题与测序真的没有多大的关系，只是测序前样品的准备，我只需要微生物的DNA，而不需要植物的DNA，怎么区分。基因组测序可不管是微生物的还是植物的DNA，只要是DNA都一样可以测出来的，不会涉及到特异PCR的步骤的，现在不知说请楚没有。 我的问题有没有只针对于微生物破壁的方法，而不是吧植物细胞也破了？ |
9楼2010-03-16 14:42:57
yixuanwin
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