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yucheng9255

木虫 (著名写手)

应助: 111 (高中生)
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专业: 植物病理学

[交流] 【求助/交流】新手请教如何对不同物种中某一酶的氨基酸序列进行比对再设计简并引物啊� 已有9人参与

我想克隆一个酶的基因，在其它物种中有。基本思路是，先分析找到在不同物种中的氨基酸保守序列，再根据其设计简并引物，扩增出基因的保守序列，再通过3'、5'RACE扩增出全长。好象也就是所谓的同源克隆吧。但是如何对该酶在不同物种中进行氨基酸比对，从而筛选出在不同物种中具有高度保守的序列呢？我在用clustalx进行多序列比对,寻找保守序列时，怎么通过比对确定哪些是我需要的保守序列？有没有软件直接帮我查找出保守序列？如果有多个保守区域,我又如何确定选择哪个保守序列进行设计引物？？？
我刚接触分子，不怎么懂。问实验室的师兄师姐们，不知道是觉得太简单呢，还是也不懂，反正也说不出个所以然。
在此请教各位高手了！请不要见笑啊！
再次感谢！

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如何比对多条氨基酸序列，设计简并引物？已经有1人回复

1楼 2010-02-17 19:50:22

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amilie030312

金虫 (正式写手)

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专业: 动物遗传学

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2):欢迎多多交流~~ 2010-05-25 15:12:08

先用随便什么软件进行保守序列的对比，我个人比较偏爱DNAstart和BioEdit。找到保守序列的位置后用引物设计的软件输入保守序列区域的位置来设计引物，引物设计软件都可以做到你要求是从第几个碱基到第几个碱基来设计引物的。这个不难。
再涉及到兼并引物，你这个首先要设计正常的引物，在正常的引物无法扩增出来的时候，或者你要求的位置引物设计软件没办法设计出令你满意的引物的时候才选择设计兼并引物。兼并引物并不是万能的，也是有缺憾的。