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投票标题: 【每周讨论话题第一期】关于一个反应过程的猜测(投票有奖) (单选)

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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【每周讨论话题第一期】关于一个反应过程的猜测(投票有奖)

各位量化人,大家好
量子化学版仿照第一性版,也开展“每周讨论话题”这个栏目了。
这是咱们版第一期每周讨论话题,请大家畅所欲言,各抒己见!
这一期讨论话题是小卒我自己拟定的。将来还请各位专家多多指点,为咱们版提供更多更好的讨论话题啊!
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============
最近看了个文献,J. Phys. Chem. A 2002, 106, 5155-5159

计算方法:B3LYP/6-311+G(2df,p)//B3LYP/6-31G(d,p),零点能校正,加Onsager模型描述二甲亚砜溶剂。

作者的Figure1我非常不满。尤其是1b构型(见图1),实在是势垒太高了,高达170多kJ/mol的势垒,我觉得很难爬坡。

而且,从1a到1b,分子内作用力的变化很严重。我觉得这绝不是基元反应能完成的工作

我觉得如果是从1a爬到1b,那么必须经过一系列step by step的爬坡才行。否则免谈

小卒设计了一个爬坡过程,见图2

请各位大侠赐教(PS:我想写吵架文章反驳他。当然写文章之前我要先算一通啦)

不过,虽然小卒看着作者给出的反应过程很不爽,但是小卒自己设计的反应过程也有两个明显漏洞。
(1)ts2--m2--ts3--m3的过程,很可能是错的。很有可能是从ts2直接到m3,而不经过m2和ts3. 如果m2的体系总能量高于ts2,那么就能宣告ts2--m2--ts3--m3的过程的破产,转而直接以ts2--m3的方式反应
(2)我的终产物f1和f2与原作者给出的1h并不相同。我采用f2的样式来描述终产物,主要是考虑到有机化学中六圆环比五元环稳定。但是我也知道,N更容易吸引H。究竟是我的f2还是原作者的1h哪种方式占优势,还是要算了才知道

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-1-23 at 18:18 ]
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fegg7502

荣誉版主 (知名作家)

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yjcmwgk(金币+4,VIP+0): 1-22 17:36
我不懂有机哈,,大概说下我的看法,你的M2直接拽掉N上的H了,这个就能量低么?

这个文献的这么高的能垒可能有问题,你可重新计算下,或者根据他给的键长数据看下。

[ Last edited by fegg7502 on 2010-1-22 at 17:20 ]
心诚意正,方可始终;身无苦灭,永登光明。
2楼2010-01-22 17:18:36
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by fegg7502 at 2010-1-22 17:18:
我不懂有机哈,,大概说下我的看法,你的M2直接拽掉N上的H了,这个就能量低么?

我在原帖中也说了这个问题了。我说了这句话“ts2--m2--ts3--m3的过程,很可能是错的也有可能是从ts2直接到m3,而不经过m2和ts3. 如果m2的体系总能量高于ts2,那么就能宣告ts2--m2--ts3--m3的过程的破产,转而直接以ts2--m3的方式反应”
(1)如果ts2--m2--ts3--m3成立,那么我觉得ts3--m3能提供“拽掉N上的H”的驱动力
(2)如果ts2--m2--ts3--m3不成立,那么反应应该是直接以ts2--m3的方式进行

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-1-22 at 17:22 ]
3楼2010-01-22 17:20:55
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冬天里的骄阳

铁杆木虫 (正式写手)

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yjcmwgk(金币+5,VIP+0): 1-22 17:36
单从能垒上判断一个反应可行不可行是不可取的,我们知道H2跟Cl2的反应是若干个基元反应组合而成的,其活化能大约是200多KJ/mol,小卒可以针对过渡态1b做IRC验证,看正向反向是否能达到中间体1a,1c的状态,再作讨论。当然小卒的想法也是可取的,我个人认为作者的1a-1b-1c可以看做是一个组合。小卒只是细分化了,这个现象在反应机理论文里面是存在的。个人拙见,有不对之处请批评!
4楼2010-01-22 17:23:34
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by fegg7502 at 2010-1-22 17:18:
我不懂有机哈,,大概说下我的看法,你的M2直接拽掉N上的H了,这个就能量低么?

N和O争夺H,O应该能占优势吧
个人拙见,有不对之处请批评!

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-1-22 at 17:30 ]
5楼2010-01-22 17:24:43
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by 冬天里的骄阳 at 2010-1-22 17:23:
单从能垒上判断一个反应可行不可行是不可取的,我们知道H2跟Cl2的反应是若干个基元反应组合而成的,其活化能大约是200多KJ/mol,小卒可以针对过渡态1b做IRC验证,看正向反向是否能达到中间体1a,1c的状态,再作讨 ...

骄阳兄说的也正是小卒要说的。单从能垒上判断一个反应可行不可行确实是不可取的。因此从1a到1b虽然势垒很高,但是仍然有实现的可能——这种可能性仅仅存在于step by step中,而不是一步反应。这也是小卒不敢轻易否定这个反应的原因,呵呵
个人拙见,有不对之处请批评!

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-1-22 at 17:30 ]
6楼2010-01-22 17:26:31
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yflchx

金虫 (正式写手)

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yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 1-22 17:37
B3LYP算势垒容易出问题,再加上溶剂化模型的话,可信度就大打折扣。
7楼2010-01-22 17:28:11
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冬天里的骄阳

铁杆木虫 (正式写手)

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yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 1-22 17:37
引用回帖:
Originally posted by yflchx at 2010-1-22 17:28:
B3LYP算势垒容易出问题,再加上溶剂化模型的话,可信度就大打折扣。

话现在说是这么个理由,但要考虑到这篇文献是2002年发表的,利用B3LYP算能垒在当时那个年代是合理的。就放眼到2009年不也有大量文献用这个泛函算势能垒的么?所以不能对作者太过苛刻。
8楼2010-01-22 17:32:33
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yflchx

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
同意你的说法,

如果作者对几种方法做了比较,然后选出B3LYP,那样的话可信度会更高。

严谨的工作一般都会做个方法比较,然后再选定最终要用的计算水平。
引用回帖:
Originally posted by 冬天里的骄阳 at 2010-1-22 17:32:

话现在说是这么个理由,但要考虑到这篇文献是2002年发表的,利用B3LYP算能垒在当时那个年代是合理的。就放眼到2009年不也有大量文献用这个泛函算势能垒的么?所以不能对作者太过苛刻。

9楼2010-01-22 17:54:52
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 1-22 20:16
yjcmwgk(金币+0):你说得对,机理这种东西,唉,哈哈哈 1-22 21:06
我支持原作者,JPCA,我不做机理,不好说;
我支持小卒发影响因子更高的。机理这东西。。。O(∩_∩)O~。。。。
10楼2010-01-22 18:26:33
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