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【neweroica个人文集】转换VASP的CHGCAR为cube文件的程序chgcar2cube（v0.0）
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VASP计算的电荷密度分布保存在CHGCAR文件里，但有一定的局限性，因为目前能够直接支持CHGCAR的可视化软件并不多见。而相比之下，Gaussian的cube文件则已经非常“出名”，大量的软件（甚至非量化软件）都支持可 视化cube文件。而且，Gaussian自带的cubman程序还能对多个cube文件进行加减乘除和平方等操作，更表明cube格式的文件有极大的灵活性。 这里发布我的另一个原创程序，用于将VASP的CHGCAR文件或LOCPOT文件转换为Gaussian的cube文件。 1. 编译： i) 在Windows下我已经给大家编译好了可执行文件（见附件的chgcar2cube.exe），大家可以直接在DOS下运行。 ii) 如果你用的是Linux，则可用标准C编译器进行编译，如： gcc -o chgcar2cube -lm chgcar2cube.c iii) 如果你用Windows，但想修改或重新编译的话，请先设置源文件中的MS_Window值为1，然后再用C编译器进行编译。这很重要！！！否则程序虽然编译通过，但转换结果会发生严重错误。 2. 用法： i) 在命令行直接敲入： chgcar2cube 或者跟上输入文件名作为参数： chgcar2cube [input-file] 然后程序会读入CHGCAR文件，并开始将数据写入*.cube文件中： Writing file "CHGCAR.cube"... ii) 接着程序会要求你输入各种类型原子的原子序数： Please enter the atomic number of element 1: 比如，你的各种元素依次是碳、氢、硫和铜，就*按顺序*输入6、1、16和29。 屏幕输入如下所示： Please enter the atomic number of element 1:6 6 atoms for this ion type. Please enter the atomic number of element 2:1 4 atoms for this ion type. Please enter the atomic number of element 3:16 4 atoms for this ion type. Please enter the atomic number of element 4:29 100 atoms for this ion type. 然后程序就会读出三个方向的格点数目： NGX = 108, NGY = 108, NGZ = 250 3. 补充说明： i) 当程序将所有的数据读完并转换完之后，就会统计出所有格点数据的最大值、最小值和均方根值，如下所示： MAX= 74583.743207 MIN= -1158.089524 RMS= 5083.330715 这一行信息既在屏幕上输出，也被写到生成的cube文件的第一行。这个信息非常有用，它能帮助你在作图时选择最合适的等值面（isovalue）。一般来说，等值面的数值取RMS是最合适的（若绝大部分格点数据是负值则 取-RMS）。 ii) Gaussian提供的cubman程序有时会出现bug。过段时间我将再发布chgcarman程序，用于加减乘除和平方多个chgcar文件。 4. 实例： 附图1： 将三个体系（AB、A和B）的CHGCAR转换成cube文件，然后用cubman做差（AB - A - B）得到分子吸附前后电荷密度差分布的cube文件。最后用GaussView进行可视化。图中红色是电荷密度增多的区域，蓝色对应 减少的区域。 附图2： 将电荷密度差分布映射到总电荷密度分布上。 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:41 ] |
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2楼2010-01-21 10:15:10
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17楼2011-04-25 13:33:42
blgao12
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18楼2011-06-12 08:38:01
blgao12
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19楼2011-06-12 08:39:38
33楼2014-03-06 11:14:56
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一直没注意过这个帖子，前两天下载了楼主的源码文件看了下，总体框架写的很不错，但似乎有一个地方是错的。 在你的getData函数中： shift = ( iz*ngy*ngx + iy*ngy + ix ) * 18; 这条指令应该是用于移动文件指针的，它需要统计网格空间中已走过的“点”的数量的，按我的理解，它本应该是：shift = ( iz*ngy*ngx + ix*ngy + iy ) * 18; 才对。 同样，下一条指令： shift += ( iz*ngy*ngx + iy*ngy + ix ) / 5 ; 应该改为shift += ( iz*ngy*ngx + ix*ngy + iy ) / 5 ; 楼主不妨回顾一下，看看是否如此，期待回复！ |
39楼2014-10-17 20:29:52
45楼2021-06-22 19:40:14
46楼2022-01-10 14:58:07
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2010-01-21 16:46
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fox-fox14楼
2010-01-26 13:05
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sjzxbe21楼
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