24小时热门版块排行榜

返回列表

【奖励】本帖被评价25次，作者neweroica增加金币 20.1 个

neweroica

木虫 (著名写手)

应助: 53 (初中生)
金币: 5042.5
帖子: 2480
在线: 216.9小时
虫号: 36775

[资源] 【neweroica个人文集】转换VASP的CHGCAR为cube文件的程序chgcar2cube（v0.0）

VASP计算的电荷密度分布保存在CHGCAR文件里，但有一定的局限性，因为目前能够直接支持CHGCAR的可视化软件并不多见。而相比之下，Gaussian的cube文件则已经非常“出名”，大量的软件（甚至非量化软件）都支持可

视化cube文件。而且，Gaussian自带的cubman程序还能对多个cube文件进行加减乘除和平方等操作，更表明cube格式的文件有极大的灵活性。

这里发布我的另一个原创程序，用于将VASP的CHGCAR文件或LOCPOT文件转换为Gaussian的cube文件。

1. 编译：
i) 在Windows下我已经给大家编译好了可执行文件（见附件的chgcar2cube.exe），大家可以直接在DOS下运行。

ii) 如果你用的是Linux，则可用标准C编译器进行编译，如：
gcc -o chgcar2cube -lm chgcar2cube.c

iii) 如果你用Windows，但想修改或重新编译的话，请先设置源文件中的MS_Window值为1，然后再用C编译器进行编译。这很重要！！！否则程序虽然编译通过，但转换结果会发生严重错误。

2. 用法：
i) 在命令行直接敲入：
chgcar2cube

或者跟上输入文件名作为参数：
chgcar2cube [input-file]

然后程序会读入CHGCAR文件，并开始将数据写入*.cube文件中：
Writing file "CHGCAR.cube"...

ii) 接着程序会要求你输入各种类型原子的原子序数：
Please enter the atomic number of element 1:
比如，你的各种元素依次是碳、氢、硫和铜，就*按顺序*输入6、1、16和29。
屏幕输入如下所示：
Please enter the atomic number of element 1:6
6 atoms for this ion type.
Please enter the atomic number of element 2:1
4 atoms for this ion type.
Please enter the atomic number of element 3:16
4 atoms for this ion type.
Please enter the atomic number of element 4:29
100 atoms for this ion type.

然后程序就会读出三个方向的格点数目：
NGX = 108, NGY = 108, NGZ = 250

3. 补充说明：

i)  当程序将所有的数据读完并转换完之后，就会统计出所有格点数据的最大值、最小值和均方根值，如下所示：
MAX= 74583.743207  MIN= -1158.089524  RMS=  5083.330715

这一行信息既在屏幕上输出，也被写到生成的cube文件的第一行。这个信息非常有用，它能帮助你在作图时选择最合适的等值面（isovalue）。一般来说，等值面的数值取RMS是最合适的（若绝大部分格点数据是负值则

取-RMS）。

ii)  Gaussian提供的cubman程序有时会出现bug。过段时间我将再发布chgcarman程序，用于加减乘除和平方多个chgcar文件。

4. 实例：

附图1：将三个体系（AB、A和B）的CHGCAR转换成cube文件，然后用cubman做差（AB - A - B）得到分子吸附前后电荷密度差分布的cube文件。最后用GaussView进行可视化。图中红色是电荷密度增多的区域，蓝色对应

减少的区域。

附图2：将电荷密度差分布映射到总电荷密度分布上。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:41 ]

24小时热门版块排行榜

[资源] 【neweroica个人文集】转换VASP的CHGCAR为cube文件的程序chgcar2cube（v0.0）

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

★★★★★ 五星级,优秀推荐

★★★ 三星级,支持鼓励

★★★★★ 五星级,优秀推荐

★★★ 三星级,支持鼓励

★★★★★ 五星级,优秀推荐

★★★★★ 五星级,优秀推荐

★★★★★ 五星级,优秀推荐