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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 个人文集 » 【neweroica个人文集】转换VASP的CHGCAR为cube文件的程序chgcar2cube（v0.0）
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neweroica

木虫 (著名写手)

[资源] 【neweroica个人文集】转换VASP的CHGCAR为cube文件的程序chgcar2cube（v0.0）

VASP计算的电荷密度分布保存在CHGCAR文件里，但有一定的局限性，因为目前能够直接支持CHGCAR的可视化软件并不多见。而相比之下，Gaussian的cube文件则已经非常“出名”，大量的软件（甚至非量化软件）都支持可

视化cube文件。而且，Gaussian自带的cubman程序还能对多个cube文件进行加减乘除和平方等操作，更表明cube格式的文件有极大的灵活性。

这里发布我的另一个原创程序，用于将VASP的CHGCAR文件或LOCPOT文件转换为Gaussian的cube文件。

1. 编译：
i) 在Windows下我已经给大家编译好了可执行文件（见附件的chgcar2cube.exe），大家可以直接在DOS下运行。

ii) 如果你用的是Linux，则可用标准C编译器进行编译，如：
gcc -o chgcar2cube -lm chgcar2cube.c

iii) 如果你用Windows，但想修改或重新编译的话，请先设置源文件中的MS_Window值为1，然后再用C编译器进行编译。这很重要！！！否则程序虽然编译通过，但转换结果会发生严重错误。


2. 用法：
i) 在命令行直接敲入：
chgcar2cube

或者跟上输入文件名作为参数：
chgcar2cube [input-file]

然后程序会读入CHGCAR文件，并开始将数据写入*.cube文件中：
Writing file "CHGCAR.cube"...

ii) 接着程序会要求你输入各种类型原子的原子序数：
Please enter the atomic number of element 1:
比如，你的各种元素依次是碳、氢、硫和铜，就*按顺序*输入6、1、16和29。
屏幕输入如下所示：
Please enter the atomic number of element 1:6
6 atoms for this ion type.
Please enter the atomic number of element 2:1
4 atoms for this ion type.
Please enter the atomic number of element 3:16
4 atoms for this ion type.
Please enter the atomic number of element 4:29
100 atoms for this ion type.

然后程序就会读出三个方向的格点数目：
NGX = 108, NGY = 108, NGZ = 250


3. 补充说明：

i)  当程序将所有的数据读完并转换完之后，就会统计出所有格点数据的最大值、最小值和均方根值，如下所示：
MAX= 74583.743207  MIN= -1158.089524  RMS=  5083.330715

这一行信息既在屏幕上输出，也被写到生成的cube文件的第一行。这个信息非常有用，它能帮助你在作图时选择最合适的等值面（isovalue）。一般来说，等值面的数值取RMS是最合适的（若绝大部分格点数据是负值则

取-RMS）。

ii)  Gaussian提供的cubman程序有时会出现bug。过段时间我将再发布chgcarman程序，用于加减乘除和平方多个chgcar文件。


4. 实例：

附图1： 将三个体系（AB、A和B）的CHGCAR转换成cube文件，然后用cubman做差（AB - A - B）得到分子吸附前后电荷密度差分布的cube文件。最后用GaussView进行可视化。图中红色是电荷密度增多的区域，蓝色对应

减少的区域。

附图2： 将电荷密度差分布映射到总电荷密度分布上。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:41 ]
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1楼 2010-01-21 00:08:47
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wonderflyer

木虫 (正式写手)
surface build failed!

Error reading MO File header
不知道哪出错了？
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4楼2010-01-21 18:07:32
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neweroica

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wonderflyer at 2010-1-21 18:07:
surface build failed!

Error reading MO File header
不知道哪出错了？

你是不是isovalue选取得不合适？
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5楼2010-01-21 18:51:22
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405963512

铜虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

你好，我按照你说的，在windows下，转换了一个chgcar文件，转换完成，遇到两个问题。
1.在gaussview打开.cubbe文件，但是我原来在vasp下的分子现在散开了，可能是有些原子在晶胞外面，这个问题如何解决？
2.在显示cube时，出现错误：contour build failed! Reading map cube file Writing Grid Data Reading Grid Point Line Number 2721
谢谢
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6楼2010-01-22 09:32:19
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wonderflyer

木虫 (正式写手)
我的isovalue选取的是RMS值，还是出现同样的错误
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7楼2010-01-22 16:00:39
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