| 查看: 6953 | 回复: 45 | ||||||
| 【奖励】 本帖被评价25次，作者neweroica增加金币 20.1 个 | ||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||
[资源]
【neweroica个人文集】转换VASP的CHGCAR为cube文件的程序chgcar2cube（v0.0）
|
||||||
|
VASP计算的电荷密度分布保存在CHGCAR文件里，但有一定的局限性，因为目前能够直接支持CHGCAR的可视化软件并不多见。而相比之下，Gaussian的cube文件则已经非常“出名”，大量的软件（甚至非量化软件）都支持可 视化cube文件。而且，Gaussian自带的cubman程序还能对多个cube文件进行加减乘除和平方等操作，更表明cube格式的文件有极大的灵活性。 这里发布我的另一个原创程序，用于将VASP的CHGCAR文件或LOCPOT文件转换为Gaussian的cube文件。 1. 编译： i) 在Windows下我已经给大家编译好了可执行文件（见附件的chgcar2cube.exe），大家可以直接在DOS下运行。 ii) 如果你用的是Linux，则可用标准C编译器进行编译，如： gcc -o chgcar2cube -lm chgcar2cube.c iii) 如果你用Windows，但想修改或重新编译的话，请先设置源文件中的MS_Window值为1，然后再用C编译器进行编译。这很重要！！！否则程序虽然编译通过，但转换结果会发生严重错误。 2. 用法： i) 在命令行直接敲入： chgcar2cube 或者跟上输入文件名作为参数： chgcar2cube [input-file] 然后程序会读入CHGCAR文件，并开始将数据写入*.cube文件中： Writing file "CHGCAR.cube"... ii) 接着程序会要求你输入各种类型原子的原子序数： Please enter the atomic number of element 1: 比如，你的各种元素依次是碳、氢、硫和铜，就*按顺序*输入6、1、16和29。 屏幕输入如下所示： Please enter the atomic number of element 1:6 6 atoms for this ion type. Please enter the atomic number of element 2:1 4 atoms for this ion type. Please enter the atomic number of element 3:16 4 atoms for this ion type. Please enter the atomic number of element 4:29 100 atoms for this ion type. 然后程序就会读出三个方向的格点数目： NGX = 108, NGY = 108, NGZ = 250 3. 补充说明： i) 当程序将所有的数据读完并转换完之后，就会统计出所有格点数据的最大值、最小值和均方根值，如下所示： MAX= 74583.743207 MIN= -1158.089524 RMS= 5083.330715 这一行信息既在屏幕上输出，也被写到生成的cube文件的第一行。这个信息非常有用，它能帮助你在作图时选择最合适的等值面（isovalue）。一般来说，等值面的数值取RMS是最合适的（若绝大部分格点数据是负值则 取-RMS）。 ii) Gaussian提供的cubman程序有时会出现bug。过段时间我将再发布chgcarman程序，用于加减乘除和平方多个chgcar文件。 4. 实例： 附图1： 将三个体系（AB、A和B）的CHGCAR转换成cube文件，然后用cubman做差（AB - A - B）得到分子吸附前后电荷密度差分布的cube文件。最后用GaussView进行可视化。图中红色是电荷密度增多的区域，蓝色对应 减少的区域。 附图2： 将电荷密度差分布映射到总电荷密度分布上。 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:41 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理相关文档 | VASP | 第一性 | vasp |
» 猜你喜欢
招收 新能源、冶金、材料、化工、环境 等工科类考生
已经有0人回复
-
393求调剂推荐
已经有1人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有178人回复
-
能源环境新材料研究团队 招收 新能源、冶金、材料、化工、环境 等工科类考生
已经有0人回复
-
一志愿南师大0703化学 275求调剂
已经有5人回复
-
能源环境新材料研究团队 招收 新能源、冶金、材料、化工、环境 等工科类研究生
已经有0人回复
-
武汉纺织大学教育部重点实验室调剂
已经有0人回复
-
A 区过线就可申！重庆双非公办高校 0856调剂，接受跨专业！纳米材料 / 润滑热门方向
已经有0人回复
-
能源环境新材料研究团队 研究生调剂招生
已经有0人回复
-
欢迎调剂长江师范学院汤老师课题组的硕士研究生
已经有0人回复
-
齐齐哈尔大学材料科学与工程学院有调剂名额
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 职称学历学位只给了一个PDF格式名称，怎么把三个变成一个文件
已经有22人回复
- 有人问作者要过源程序吗？邮件该怎么写合适？
已经有15人回复
- VASP计算论文一篇（含response，支持信息和正文修改痕迹）(校稿已经上传)
已经有48人回复
- 不同功能vasp的编译
已经有4人回复
- vasp计算能带，刚开始就服务器就卡了
已经有20人回复
- 为什么VASP算出来Gd的磁矩总是偏小？
已经有14人回复
- VASP结构优化时出现的POTIM问题
已经有4人回复
- 怎么样快速删除一个大文件的前N行？
已经有10人回复
- 关于公式格式转换后的对齐问题
已经有6人回复
- 怎么实现txt文件中的列数转换
已经有14人回复
- vasp中CHGCAR是PS电荷还是AE电荷
已经有6人回复
- 请教VASP的INCAR设置是否一定要设置PREC=Accurate？
已经有4人回复
- VASP中如何获得POTCAR文件？
已经有8人回复
- 【原创】CHGCAR转化成MS可读文件修正
已经有18人回复
- 【分享】将VASP中CONTCAR中数据转化成JMOL可读的小程序
已经有4人回复
- 【neweroica个人文集】操作VASP的CHGCAR文件的程序：chgcarman（v0.0）
已经有43人回复
- 【原创】vasp的POSCAR转换成cif格式程序修改版
已经有7人回复
9楼2010-01-23 09:19:06
4楼2010-01-21 18:07:32
5楼2010-01-21 18:51:22
6楼2010-01-22 09:32:19
