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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】cDNA全长判断问题
汕头大学海洋科学接受调剂
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yoyoyehan

[交流] 【求助/交流】cDNA全长判断问题

遇到难题了：我用RACE方法做的克隆，但是不知道5‘端是否到头啦，3’端有polyA结构，但是5‘端的帽子结构该怎么来判断呢？
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1楼 2010-01-20 15:02:51
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
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1949stone(金币+2,VIP+0): 1-20 15:38
你不是有5‘RACE的引物，是否含有引物序列你应该知道啊，如果含有引物序列就表示已经到头了，然后去掉人为加上的序列，就是实际基因的开头了
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2楼2010-01-20 15:09:48
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yoyoyehan

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-1-20 15:09:
你不是有5‘RACE的引物，是否含有引物序列你应该知道啊，如果含有引物序列就表示已经到头了，然后去掉人为加上的序列，就是实际基因的开头了

请问你说的引物序列是试剂盒里带的UPM么？
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3楼2010-01-20 15:28:54
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
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是的，你在用clontech的盒子，那就是了
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4楼2010-01-20 15:42:02
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hugang2004_2000

木虫 (正式写手)
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司马诸葛(金币+2): 1-25 14:39
我觉得是要一点经验的，毕竟5‘的帽子结构不是总能得到的，所以即使到了接头引物序列，也不一定就是全长，虽然现在有的试剂盒专门针对5’的ggg设计了接头，但是ggg的序列不是那么特异，所以还是可能错配。我的经验是：知道了序列之后，去blastx，然后根据结果分析是不是到头了，如果有相似的已经报道的基因跟你的序列非常像，并且是从头开始的，那可以认为你的基因就是全长了；如果不是从头开始的，比如从第六个氨基酸开始，那就从对应的那个碱基开始往5'UTR的方向数，看是不是大约数了5组三联码就到了ATG，如果是的话，恭喜你，5‘到头了。呵呵，这是我的经验，不一定全部适应，可以参考。
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5楼2010-01-20 15:42:23
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zzhlibin

银虫 (小有名气)
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引用回帖:
Originally posted by hugang2004_2000 at 2010-1-20 15:42:
我觉得是要一点经验的，毕竟5‘的帽子结构不是总能得到的，所以即使到了接头引物序列，也不一定就是全长，虽然现在有的试剂盒专门针对5’的ggg设计了接头，但是ggg的序列不是那么特异，所以还是可能错配。我的经验 ...

好经验，借鉴一下！
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6楼2010-01-24 09:51:20
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jasco

木虫 (正式写手)
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引用回帖:
Originally posted by hugang2004_2000 at 2010-01-20 15:42:23:
我觉得是要一点经验的，毕竟5‘的帽子结构不是总能得到的，所以即使到了接头引物序列，也不一定就是全长，虽然现在有的试剂盒专门针对5’的ggg设计了接头，但是ggg的序列不是那么特异，所以还是可能错配。我的经验 ...

学习经验，谢谢！
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7楼2010-01-25 16:02:00
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gastrodia

金虫 (正式写手)
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把你的cDNA全长翻译一下，只有一个阅读框是正确的，我是用在线翻译translateDNA,下图中只有第一种翻译情况是全长，在起始密码子前找到终止子即可，当然要保证你dna没突变，测序没问题，拿蛋白质去blast，看看blast到的那些物种此蛋白长度如何，即可判断
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8楼2010-01-25 22:36:21
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