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yoyoyehan

[交流] 【求助/交流】cDNA全长判断问题

遇到难题了:我用RACE方法做的克隆,但是不知道5‘端是否到头啦,3’端有polyA结构,但是5‘端的帽子结构该怎么来判断呢?
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hugang2004_2000

木虫 (正式写手)

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司马诸葛(金币+2): 1-25 14:39
我觉得是要一点经验的,毕竟5‘的帽子结构不是总能得到的,所以即使到了接头引物序列,也不一定就是全长,虽然现在有的试剂盒专门针对5’的ggg设计了接头,但是ggg的序列不是那么特异,所以还是可能错配。我的经验是:知道了序列之后,去blastx,然后根据结果分析是不是到头了,如果有相似的已经报道的基因跟你的序列非常像,并且是从头开始的,那可以认为你的基因就是全长了;如果不是从头开始的,比如从第六个氨基酸开始,那就从对应的那个碱基开始往5'UTR的方向数,看是不是大约数了5组三联码就到了ATG,如果是的话,恭喜你,5‘到头了。呵呵,这是我的经验,不一定全部适应,可以参考。
5楼2010-01-20 15:42:23
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
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1949stone(金币+2,VIP+0): 1-20 15:38
你不是有5‘RACE的引物,是否含有引物序列你应该知道啊,如果含有引物序列就表示已经到头了,然后去掉人为加上的序列,就是实际基因的开头了
2楼2010-01-20 15:09:48
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yoyoyehan

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-1-20 15:09:
你不是有5‘RACE的引物,是否含有引物序列你应该知道啊,如果含有引物序列就表示已经到头了,然后去掉人为加上的序列,就是实际基因的开头了

请问你说的引物序列是试剂盒里带的UPM么?
3楼2010-01-20 15:28:54
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
是的,你在用clontech的盒子,那就是了
4楼2010-01-20 15:42:02
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