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【求助/交流】cDNA全长判断问题
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| 遇到难题了：我用RACE方法做的克隆，但是不知道5‘端是否到头啦，3’端有polyA结构，但是5‘端的帽子结构该怎么来判断呢？ |
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yujiaping1
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2楼2010-01-20 15:09:48
3楼2010-01-20 15:28:54
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4楼2010-01-20 15:42:02
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| 我觉得是要一点经验的，毕竟5‘的帽子结构不是总能得到的，所以即使到了接头引物序列，也不一定就是全长，虽然现在有的试剂盒专门针对5’的ggg设计了接头，但是ggg的序列不是那么特异，所以还是可能错配。我的经验是：知道了序列之后，去blastx，然后根据结果分析是不是到头了，如果有相似的已经报道的基因跟你的序列非常像，并且是从头开始的，那可以认为你的基因就是全长了；如果不是从头开始的，比如从第六个氨基酸开始，那就从对应的那个碱基开始往5'UTR的方向数，看是不是大约数了5组三联码就到了ATG，如果是的话，恭喜你，5‘到头了。呵呵，这是我的经验，不一定全部适应，可以参考。 |
5楼2010-01-20 15:42:23
zzhlibin
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