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043114076木虫 (正式写手)
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[交流]
【讨论】ME 力场文件格式 已有1人参与
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ME可以修改力场参数无疑是一个优点，但是在修改参数时仍有许多不满足的地方。 我最近需要使用一种新的分子间势的函数形式，但ME 中没有定义这种形式，就尝试自己加进去。 可以看到在Potlib文件夹下有一functype.dat文件，定义了势能的形式。 ... /* Bond 2 */ 001202 1 2 2 E=k*(r-r0)**2 k(kcal/mol) r0(angstrom) 6.950190951e-28 1.0e+00 1 2 ... 这个理解起来还是比较容易的。001202 代表函数的编号。只是不明白 1 2 2 代表什么含义。 下面是函数的形式和参数。最下面一行是成键的顺序（暂时这么理解） 进入具体的某个力场，打开 .ppf 文件。 001201 2 1 2 905 1010 E=1/2*k(r-r0)**2 k(kcal/mol) r0(angstrom) 1 2 H H 1 7.0000000e+002 6.5000000e-001 H HB H 1 7.0000000e+002 6.5000000e-001 H b H 1 7.0000000e+002 8.3000000e-001 ... 第一行是文件头：001201代表函数编号与functype.dat文件对应，2 1 2不明白是什么含义，只是与functype.dat文件不同了。最不明白的是905 和1010代表什么含义。 下面是函数形式以及参数，与potential parameter editor中的一样。 尝试在functype.dat中加入新的函数形式，结果无法使用。报错： Funion image not found。 希望跟大家讨论一下这个问题，共同学习ME。 |
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铁虫 (初入文坛)
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2楼2010-09-29 15:03:35