| 查看: 684 | 回复: 1 | |||
043114076木虫 (正式写手)
|
[交流]
【讨论】ME 力场文件格式 已有1人参与
|
|
ME可以修改力场参数无疑是一个优点，但是在修改参数时仍有许多不满足的地方。 我最近需要使用一种新的分子间势的函数形式，但ME 中没有定义这种形式，就尝试自己加进去。 可以看到在Potlib文件夹下有一functype.dat文件，定义了势能的形式。 ... /* Bond 2 */ 001202 1 2 2 E=k*(r-r0)**2 k(kcal/mol) r0(angstrom) 6.950190951e-28 1.0e+00 1 2 ... 这个理解起来还是比较容易的。001202 代表函数的编号。只是不明白 1 2 2 代表什么含义。 下面是函数的形式和参数。最下面一行是成键的顺序（暂时这么理解） 进入具体的某个力场，打开 .ppf 文件。 001201 2 1 2 905 1010 E=1/2*k(r-r0)**2 k(kcal/mol) r0(angstrom) 1 2 H H 1 7.0000000e+002 6.5000000e-001 H HB H 1 7.0000000e+002 6.5000000e-001 H b H 1 7.0000000e+002 8.3000000e-001 ... 第一行是文件头：001201代表函数编号与functype.dat文件对应，2 1 2不明白是什么含义，只是与functype.dat文件不同了。最不明白的是905 和1010代表什么含义。 下面是函数形式以及参数，与potential parameter editor中的一样。 尝试在functype.dat中加入新的函数形式，结果无法使用。报错： Funion image not found。 希望跟大家讨论一下这个问题，共同学习ME。 |
回复此楼» 猜你喜欢
哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识
已经有7人回复
-
面上意见出来了
已经有23人回复
-
能否申诉？
已经有8人回复
-
梦想
已经有5人回复
-
中青基了要发朋友圈吗？
已经有7人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
29号明天会评吗
已经有4人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有10人回复
-
基金不中，共勉
已经有12人回复
-
为什么到现在没收到通知？
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Forcite和Discover力场问题
已经有5人回复
- ATP分子力场参数怎么做
已经有4人回复
- 求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢
已经有5人回复
- 用tinker的amoeba09力场模拟~~总是提示参数未定义~~~怎么办啊~热切求助
已经有7人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】ReaxFF 力场参数化问题请教
已经有9人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】MS-sorption中力场编辑的一个基础问题
已经有8人回复
- 【求助】力场建立中的二面角问题
已经有5人回复
sjzhbkdlxy
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 125
- 帖子: 32
- 在线: 24.2小时
- 虫号: 576513
- 注册: 2008-06-20
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2010-09-29 15:03:35
30