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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于DNA测序问题
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qing1985

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于DNA测序问题

有哪位大虾可以帮下忙，帮小弟解决些问题：
       我将样品用切胶的方法来纯化，用OMEGA的试剂盒来回收，但送去测序的时候老是出现信号衰减，请问是什么原因啊？

[ Last edited by amisking on 2009-12-26 at 13:00 ]
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1楼 2009-12-26 12:14:29
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09021122

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+5,VIP+0): 12-26 13:01
一：纯化后有没有检测，看看条带的亮度如何.
二：DNA片段的长度是多少？如果很长的话，可能测不通。
三：测序引物是否有问题。
四：建议最好做克隆，因为可能后的测序效果很好，而且较准确。
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雄关漫道真如铁，而今迈步从头越
2楼2009-12-26 12:58:39
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bioxixi

木虫 (著名写手)
★
1949stone(金币+1,VIP+0): 12-26 19:20
PCR产物直接测序？
建议做TA克隆，鉴定后测序
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3楼2009-12-26 13:39:36
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genomelin

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
1949stone(金币+2,VIP+0):谢谢交流 12-26 19:21
qing1985(金币+5,VIP+0): 1-7 15:01
可能是你的模板前段有复杂的二级结构，送去测序的时候让公司多加点ET或者直接用BigDye做测序反应，也有可能是测序反应的时候引物量少了，反应后的小片段过多，也会有衰减的现象
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4楼2009-12-26 13:44:28
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qing1985

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 09021122 at 2009-12-26 12:58:
一：纯化后有没有检测，看看条带的亮度如何.
二：DNA片段的长度是多少？如果很长的话，可能测不通。
三：测序引物是否有问题。
四：建议最好做克隆，因为可能后的测序效果很好，而且较准确。

纯化后检测都是可以达到10ng/ul的，片段大小是700bp左右，测序的时候到300多就开始衰减了，有可能是我的纯化过程中的东西残留影响测序吗？
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5楼2009-12-26 19:19:11
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sj_wu

金虫 (正式写手)
建议最好做克隆，因为可能后的测序效果很好，而且较准确
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6楼2009-12-26 19:33:02
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thinka

铜虫 (著名写手)
看楼上有很多人建议人家克隆测序,也不管人家实测来干什么的,如果是测SNP的话怎么能克隆测序呢。
楼主可以把你的测序结果发给我看一下么？测序我熟
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7楼2009-12-26 23:11:48
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thinka

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by qing1985 at 2009-12-26 19:19:


纯化后检测都是可以达到10ng/ul的，片段大小是700bp左右，测序的时候到300多就开始衰减了，有可能是我的纯化过程中的东西残留影响测序吗？

你的样品浓度偏低了
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8楼2009-12-26 23:13:44
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genomelin

银虫 (小有名气)
样品浓度过低不会造成衰减信号的
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9楼2009-12-31 11:10:28
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adom2009

铁杆木虫 (正式写手)
可能是样品模板加过多，即模板浓度相对过高，导致小片段过多，形成提前衰落
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10楼2010-01-02 12:11:03
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