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【求助】新手想用MD，用什么软件？已有2人参与
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RT，我想学，想出成果，想发文章。 我没有cluster,只有多台可以全天开机的PC，有时间。 现在看MD的软件很多，想确定一个一直学下去，希望大大们给推荐个~ 我有兴趣，有精力，有动力~有一点C的基础，有用linux的经验~ 若推荐烦请注明理由，万分感谢！ |
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2楼2009-12-08 22:12:35
zhuhongaaa
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 396.9
- 红花: 2
- 帖子: 607
- 在线: 23小时
- 虫号: 748787
- 注册: 2009-04-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
3楼2009-12-08 23:21:06
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克罗米虎(金币+4,VIP+0):很具体 ，谢谢！ 12-9 09:24
lei0736(金币+2,VIP+0):呵呵 有没兴趣转到分子模拟版来做专家顾问？ 12-9 10:12
克罗米虎(金币+4,VIP+0):很具体 ，谢谢！ 12-9 09:24
lei0736(金币+2,VIP+0):呵呵 有没兴趣转到分子模拟版来做专家顾问？ 12-9 10:12
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免费的就是GROMACS，NAMD，DL_POLY等等。 GROMACS号称是全球最快的MD程序，自带GROMOS和OPLS力场，也可以用AMBER力场，自带的分析工具也很多，熟悉linux的人用Gromacs上手应该比较快。编译很容易。适合生物体系。 NAMD的强大之处在于和VMD的无缝衔接，借助VMD和tcl语言，理论上可以做你任何想做的模拟计算，自由度很高。编译比GROMACS麻烦，但是编好了就很好用。自带CHARMM力场，可以用AMBER力场。适合生物体系。 DL_POLY有很多特殊的势函数，适合做金属、表面等等用Lennard-Jones势无法处理的问题。我没编译过，没用过，具体不做不评价。 做MD用并行还是比较重要的，不然速度上不去，等得会比较郁闷。上面三个软件的并行效率应该都很高，也都是用MPI并行。如果LZ的机器是多核的那可以在每台机器单独跑，如果是单核的那要搭局域网就比较麻烦了。Good Luck！ |
4楼2009-12-09 05:20:06
5楼2009-12-09 09:55:13
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
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- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
6楼2009-12-09 11:56:34
7楼2010-04-21 14:31:46
superdirac
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 4269.5
- 散金: 33
- 红花: 2
- 帖子: 536
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- 注册: 2008-03-12
- 专业: 理论和计算化学
8楼2010-04-21 14:40:08