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金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】新手想用MD，用什么软件？已有2人参与

RT，我想学，想出成果，想发文章。
我没有cluster,只有多台可以全天开机的PC，有时间。
现在看MD的软件很多，想确定一个一直学下去，希望大大们给推荐个~
我有兴趣，有精力，有动力~有一点C的基础，有用linux的经验~
若推荐烦请注明理由，万分感谢！

专业的计算模拟服务：http://www.wecomput.com

1楼 2009-12-08 22:04:06

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金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
克罗米虎(金币+2,VIP+0):非常感谢！ 12-9 09:18
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-9 10:11

amber在处理蛋白质的残基和有机小分子的力场上貌似做的比较好。如果要算溶剂化自由能的话在加上apbs，差不多是足够的。但是要考虑到的是amber是付费的，虽然只有一百多刀（好像吧，记不清了）。
gromacs是开源的。运算速度还可以。并行起来也不错。但楼主貌似没法用并行了。

分子模拟的主页http://varmilion.tk/

3楼2009-12-08 23:21:06

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