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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】新手想用MD，用什么软件？
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克罗米虎

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】新手想用MD，用什么软件？ 已有2人参与

RT，我想学，想出成果，想发文章。
我没有cluster,只有多台可以全天开机的PC，有时间。
现在看MD的软件很多，想确定一个一直学下去，希望大大们给推荐个~
我有兴趣，有精力，有动力~有一点C的基础，有用linux的经验~
若推荐烦请注明理由，万分感谢！
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1楼 2009-12-08 22:04:06
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
自己沙发~诚心学~~~
我主要用来跑蛋白和小分子配体~

[ Last edited by 克罗米虎 on 2009-12-8 at 22:48 ]
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2楼2009-12-08 22:12:35
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
克罗米虎(金币+2,VIP+0):非常感谢！ 12-9 09:18
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-9 10:11
amber在处理蛋白质的残基和有机小分子的力场上貌似做的比较好。如果要算溶剂化自由能的话在加上apbs，差不多是足够的。但是要考虑到的是amber是付费的，虽然只有一百多刀（好像吧，记不清了）。
gromacs是开源的。运算速度还可以。并行起来也不错。但楼主貌似没法用并行了。
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
3楼2009-12-08 23:21:06
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
克罗米虎(金币+4,VIP+0):很具体 ，谢谢！ 12-9 09:24
lei0736(金币+2,VIP+0):呵呵 有没兴趣转到分子模拟版来做专家顾问？ 12-9 10:12
免费的就是GROMACS，NAMD，DL_POLY等等。

GROMACS号称是全球最快的MD程序，自带GROMOS和OPLS力场，也可以用AMBER力场，自带的分析工具也很多，熟悉linux的人用Gromacs上手应该比较快。编译很容易。适合生物体系。

NAMD的强大之处在于和VMD的无缝衔接，借助VMD和tcl语言，理论上可以做你任何想做的模拟计算，自由度很高。编译比GROMACS麻烦，但是编好了就很好用。自带CHARMM力场，可以用AMBER力场。适合生物体系。

DL_POLY有很多特殊的势函数，适合做金属、表面等等用Lennard-Jones势无法处理的问题。我没编译过，没用过，具体不做不评价。

做MD用并行还是比较重要的，不然速度上不去，等得会比较郁闷。上面三个软件的并行效率应该都很高，也都是用MPI并行。如果LZ的机器是多核的那可以在每台机器单独跑，如果是单核的那要搭局域网就比较麻烦了。Good Luck！
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4楼2009-12-09 05:20:06
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
看来并行还是需要的啊~
我看有人用GROMACS单机，看来确实比较快，要不我也先拿这个单机练着，等用会了再想办法并行吧~
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5楼2009-12-09 09:55:13
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
克罗米虎(金币+4,VIP+0):谢谢专家~ 12-9 16:29
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-16 13:48
如果你的多台机器可以组成cluster, 那就再好不过了.
这时namd 和gmx 都不错, 推荐前者. amber 和charmm 速度要慢很多.
但一定要是1gbps 以上的网速, 否则并行效果发挥不出了.
单机只有gmx 可供选择了, namd 的优势主要在并行方面.

上面几个都是针对生化,溶液体系, 别的体系有更合适的软件
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6楼2009-12-09 11:56:34
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amykk0503

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-21 15:03
用NAMD或者GMX吧~但是感觉NAMD要是做非生物体系的话……写那些输入文件需要花些精神好好研究格式~
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7楼2010-04-21 14:31:46
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-21 15:03
NAMD
  机器一定要好。  最好是机群，网络是infiniband,16/32个节点一起算。这样你的速度可以很快。
  三万个原子一天之内可以算10ns左右。
而且后期的分析，你可以用vmd/tcl两者结合。很方便。

[ Last edited by superdirac on 2010-4-21 at 14:41 ]
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
8楼2010-04-21 14:40:08
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