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克罗米虎

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】新手想用MD,用什么软件?已有2人参与

RT,我想学,想出成果,想发文章。
我没有cluster,只有多台可以全天开机的PC,有时间。
现在看MD的软件很多,想确定一个一直学下去,希望大大们给推荐个~
我有兴趣,有精力,有动力~有一点C的基础,有用linux的经验~
若推荐烦请注明理由,万分感谢!
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
克罗米虎(金币+4,VIP+0):谢谢专家~ 12-9 16:29
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-16 13:48
如果你的多台机器可以组成cluster, 那就再好不过了.
这时namd 和gmx 都不错, 推荐前者. amber 和charmm 速度要慢很多.
但一定要是1gbps 以上的网速, 否则并行效果发挥不出了.
单机只有gmx 可供选择了, namd 的优势主要在并行方面.

上面几个都是针对生化,溶液体系, 别的体系有更合适的软件
6楼2009-12-09 11:56:34
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