| 查看: 2038 | 回复: 7 | ||||
| 当前主题已经存档。 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[交流]
【求助】新手想用MD，用什么软件？ 已有2人参与
|
||||
|
RT，我想学，想出成果，想发文章。 我没有cluster,只有多台可以全天开机的PC，有时间。 现在看MD的软件很多，想确定一个一直学下去，希望大大们给推荐个~ 我有兴趣，有精力，有动力~有一点C的基础，有用linux的经验~ 若推荐烦请注明理由，万分感谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 杂项 |
» 猜你喜欢
307求调剂
已经有9人回复
-
288求调剂
已经有15人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有5人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有14人回复
-
0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章
已经有18人回复
-
265求调剂
已经有3人回复
-
296求调剂
已经有6人回复
-
0703化学调剂
已经有13人回复
-
085600材料与化工 求调剂
已经有15人回复
-
生物学调剂招人！！！
已经有4人回复
5楼2009-12-09 09:55:13
2楼2009-12-08 22:12:35
zhuhongaaa
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 396.9
- 红花: 2
- 帖子: 607
- 在线: 23小时
- 虫号: 748787
- 注册: 2009-04-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
3楼2009-12-08 23:21:06
★ ★ ★ ★ ★ ★
克罗米虎(金币+4,VIP+0):很具体 ，谢谢！ 12-9 09:24
lei0736(金币+2,VIP+0):呵呵 有没兴趣转到分子模拟版来做专家顾问？ 12-9 10:12
克罗米虎(金币+4,VIP+0):很具体 ，谢谢！ 12-9 09:24
lei0736(金币+2,VIP+0):呵呵 有没兴趣转到分子模拟版来做专家顾问？ 12-9 10:12
|
免费的就是GROMACS，NAMD，DL_POLY等等。 GROMACS号称是全球最快的MD程序，自带GROMOS和OPLS力场，也可以用AMBER力场，自带的分析工具也很多，熟悉linux的人用Gromacs上手应该比较快。编译很容易。适合生物体系。 NAMD的强大之处在于和VMD的无缝衔接，借助VMD和tcl语言，理论上可以做你任何想做的模拟计算，自由度很高。编译比GROMACS麻烦，但是编好了就很好用。自带CHARMM力场，可以用AMBER力场。适合生物体系。 DL_POLY有很多特殊的势函数，适合做金属、表面等等用Lennard-Jones势无法处理的问题。我没编译过，没用过，具体不做不评价。 做MD用并行还是比较重要的，不然速度上不去，等得会比较郁闷。上面三个软件的并行效率应该都很高，也都是用MPI并行。如果LZ的机器是多核的那可以在每台机器单独跑，如果是单核的那要搭局域网就比较麻烦了。Good Luck！ |
4楼2009-12-09 05:20:06
