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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】求助：新菌种如何建立系统发育树？
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hj122

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】求助：新菌种如何建立系统发育树？

在实验室通过分离纯化得到一个未知的新菌种，现在对其进行16S rDNA扩增，已经送去测序，不知道得到基因序列后应该怎么利用Genbank对其进行16S rDNA基因序列核苷酸同源性比较？然后使用MEGA 2.1中的Neighbor Joining法绘制系统发育进化树。求教各位有经验的虫子！

因为是毫无经验的虫子，希望说的越详细越好。

实验卡在这里了，急求解决的办法，不胜感激！
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1楼 2009-12-07 16:06:41
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qiang84zhang

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
1949stone(金币+2,VIP+0):可以详细说说 12-7 19:15
hj122(金币+2,VIP+0): 12-7 21:23
我们实验室有做这个的，还发了文章。回头帮你问问，好像是用个软件，不是很复杂的！
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2楼2009-12-07 17:49:23
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hj122

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qiang84zhang at 2009-12-7 17:49:
我们实验室有做这个的，还发了文章。回头帮你问问，好像是用个软件，不是很复杂的！

静候佳音！！
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3楼2009-12-07 21:24:17
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liuyanyy

新虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
hj122(金币+5,VIP+0):谢谢，有什么不懂的希望可以再请教你！ 12-7 21:54
测序结果放入NCBI比对,将与你的序列相似的序列下载,再用DNASTAR就可以作系统发育树.
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4楼2009-12-07 21:52:45
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hj122

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by liuyanyy at 2009-12-7 21:52:
测序结果放入NCBI比对,将与你的序列相似的序列下载,再用DNASTAR就可以作系统发育树.

NCBI是网上在线的吧？进入GENBANK后，进入blast，然后在哪里提交呢？DNASTAR找不到可以下载的怎么办？
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5楼2009-12-07 22:07:50
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415gcb

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hj122(金币+5,VIP+0): 12-7 23:20
amisking(金币+2,VIP+0): 12-8 12:31
看样子你实验室这方面还真是比较弱，用vector nti比较好，里面有个工具专门下载DNA的序列的，下载好后用alinex，对比下，就出来了。
网上有相关的简易教程，这个软件比较适合初学者，
ncbi里面下载dna序列，在网页上部分有选项，可以直接下载序列，要选好格式，这个跟你下载后导入到软件中时有用，你摸索下就会了，这个软件还是很简单的。
这个软件网上一搜，有很多连接，我感觉大部分人都用他，用途比较广泛，你学会了这个，估计也不太会想用别的了

[ Last edited by 415gcb on 2009-12-7 at 21:42 ]
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6楼2009-12-07 22:33:50
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415gcb

银虫 (小有名气)
这个你不要着急，要一个星期才能摸索会，我当年摸索了一个月，不过当时没你这么急着用，是随便玩玩，很快就上手了。你一个星期肯定能学会。
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7楼2009-12-07 22:35:59
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hj122

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 415gcb at 2009-12-7 22:35:
这个你不要着急，要一个星期才能摸索会，我当年摸索了一个月，不过当时没你这么急着用，是随便玩玩，很快就上手了。你一个星期肯定能学会。

我这几天要多联系你了，要向你请教的事还多着呢！我可没那么好的领悟能力！先谢过了！
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8楼2009-12-07 23:21:49
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hj122

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 415gcb at 2009-12-7 22:35:
这个你不要着急，要一个星期才能摸索会，我当年摸索了一个月，不过当时没你这么急着用，是随便玩玩，很快就上手了。你一个星期肯定能学会。

还要麻烦你说详细一点，应该将测序结果放到什么地方啊？怎样比对呢？
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9楼2009-12-08 11:45:28
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unameder

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hj122(金币+10,VIP+0):非常感谢你给我的帮助，我会好好学习的，希望你实验顺利。 12-9 14:50
ncbi blast:
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome

将序列用txt打开，复制，粘贴进去，注意，下边一定 要选“ Others (nr etc.): ”，不是默认的“Human genomic + transcript”！，然后就等着，结果会根据相似度高低排列下来。


做系统树很多软件都可，dnaman，dnastar，etc..
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10楼2009-12-08 15:34:43
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