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[交流]
【求助/交流】求助：新菌种如何建立系统发育树？
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在实验室通过分离纯化得到一个未知的新菌种，现在对其进行16S rDNA扩增，已经送去测序，不知道得到基因序列后应该怎么利用Genbank对其进行16S rDNA基因序列核苷酸同源性比较？然后使用MEGA 2.1中的Neighbor Joining法绘制系统发育进化树。求教各位有经验的虫子！ 因为是毫无经验的虫子，希望说的越详细越好。 实验卡在这里了，急求解决的办法，不胜感激！ |
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qiang84zhang
银虫 (正式写手)
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- 专业: 生物化学与分子生物学
2楼2009-12-07 17:49:23
3楼2009-12-07 21:24:17
4楼2009-12-07 21:52:45
5楼2009-12-07 22:07:50
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hj122(金币+5,VIP+0): 12-7 23:20
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hj122(金币+5,VIP+0): 12-7 23:20
amisking(金币+2,VIP+0): 12-8 12:31
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看样子你实验室这方面还真是比较弱，用vector nti比较好，里面有个工具专门下载DNA的序列的，下载好后用alinex，对比下，就出来了。 网上有相关的简易教程，这个软件比较适合初学者， ncbi里面下载dna序列，在网页上部分有选项，可以直接下载序列，要选好格式，这个跟你下载后导入到软件中时有用，你摸索下就会了，这个软件还是很简单的。 这个软件网上一搜，有很多连接，我感觉大部分人都用他，用途比较广泛，你学会了这个，估计也不太会想用别的了 [ Last edited by 415gcb on 2009-12-7 at 21:42 ] |
6楼2009-12-07 22:33:50
7楼2009-12-07 22:35:59
8楼2009-12-07 23:21:49
9楼2009-12-08 11:45:28
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hj122(金币+10,VIP+0):非常感谢你给我的帮助，我会好好学习的，希望你实验顺利。 12-9 14:50
hj122(金币+10,VIP+0):非常感谢你给我的帮助，我会好好学习的，希望你实验顺利。 12-9 14:50
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ncbi blast: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome 将序列用txt打开，复制，粘贴进去，注意，下边一定 要选“ Others (nr etc.): ”，不是默认的“Human genomic + transcript”！，然后就等着，结果会根据相似度高低排列下来。 做系统树很多软件都可，dnaman，dnastar，etc.. |
10楼2009-12-08 15:34:43
100