应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】求助：新菌种如何建立系统发育树？
141/2返回列表12下一页
查看: 1675  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

hj122

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】求助：新菌种如何建立系统发育树？

在实验室通过分离纯化得到一个未知的新菌种，现在对其进行16S rDNA扩增，已经送去测序，不知道得到基因序列后应该怎么利用Genbank对其进行16S rDNA基因序列核苷酸同源性比较？然后使用MEGA 2.1中的Neighbor Joining法绘制系统发育进化树。求教各位有经验的虫子！

因为是毫无经验的虫子，希望说的越详细越好。

实验卡在这里了，急求解决的办法，不胜感激！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-12-07 16:06:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qiang84zhang

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
1949stone(金币+2,VIP+0):可以详细说说 12-7 19:15
hj122(金币+2,VIP+0): 12-7 21:23
我们实验室有做这个的，还发了文章。回头帮你问问，好像是用个软件，不是很复杂的！
赞一下(16人) 回复此楼
2楼2009-12-07 17:49:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hj122

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qiang84zhang at 2009-12-7 17:49:
我们实验室有做这个的，还发了文章。回头帮你问问，好像是用个软件，不是很复杂的！

静候佳音！！
回复此楼
3楼2009-12-07 21:24:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyanyy

新虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
hj122(金币+5,VIP+0):谢谢，有什么不懂的希望可以再请教你！ 12-7 21:54
测序结果放入NCBI比对,将与你的序列相似的序列下载,再用DNASTAR就可以作系统发育树.
赞一下(6人) 回复此楼
4楼2009-12-07 21:52:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hj122

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by liuyanyy at 2009-12-7 21:52:
测序结果放入NCBI比对,将与你的序列相似的序列下载,再用DNASTAR就可以作系统发育树.

NCBI是网上在线的吧？进入GENBANK后，进入blast，然后在哪里提交呢？DNASTAR找不到可以下载的怎么办？
赞一下 回复此楼
5楼2009-12-07 22:07:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

415gcb

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hj122(金币+5,VIP+0): 12-7 23:20
amisking(金币+2,VIP+0): 12-8 12:31
看样子你实验室这方面还真是比较弱，用vector nti比较好，里面有个工具专门下载DNA的序列的，下载好后用alinex，对比下，就出来了。
网上有相关的简易教程，这个软件比较适合初学者，
ncbi里面下载dna序列，在网页上部分有选项，可以直接下载序列，要选好格式，这个跟你下载后导入到软件中时有用，你摸索下就会了，这个软件还是很简单的。
这个软件网上一搜，有很多连接，我感觉大部分人都用他，用途比较广泛，你学会了这个，估计也不太会想用别的了

[ Last edited by 415gcb on 2009-12-7 at 21:42 ]
赞一下(25人) 回复此楼
6楼2009-12-07 22:33:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

415gcb

银虫 (小有名气)
这个你不要着急，要一个星期才能摸索会，我当年摸索了一个月，不过当时没你这么急着用，是随便玩玩，很快就上手了。你一个星期肯定能学会。
赞一下 回复此楼
7楼2009-12-07 22:35:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hj122

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 415gcb at 2009-12-7 22:35:
这个你不要着急，要一个星期才能摸索会，我当年摸索了一个月，不过当时没你这么急着用，是随便玩玩，很快就上手了。你一个星期肯定能学会。

我这几天要多联系你了，要向你请教的事还多着呢！我可没那么好的领悟能力！先谢过了！
赞一下 回复此楼
8楼2009-12-07 23:21:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hj122

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 415gcb at 2009-12-7 22:35:
这个你不要着急，要一个星期才能摸索会，我当年摸索了一个月，不过当时没你这么急着用，是随便玩玩，很快就上手了。你一个星期肯定能学会。

还要麻烦你说详细一点，应该将测序结果放到什么地方啊？怎样比对呢？
赞一下 回复此楼
9楼2009-12-08 11:45:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

unameder

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hj122(金币+10,VIP+0):非常感谢你给我的帮助，我会好好学习的，希望你实验顺利。 12-9 14:50
ncbi blast:
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome

将序列用txt打开，复制，粘贴进去，注意，下边一定 要选“ Others (nr etc.): ”，不是默认的“Human genomic + transcript”！，然后就等着，结果会根据相似度高低排列下来。


做系统树很多软件都可，dnaman，dnastar，etc..
赞一下(3人) 回复此楼
10楼2009-12-08 15:34:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hj122 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 9/450 2026-09-17 23:05 by cuPZTDXS3VOd
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-17 22:51 by cuPZTDXS3VOd
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +8 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 12/600 2026-09-17 22:15 by cuPZTDXS3VOd
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-17 16:03 by 0ngsZVSCTS7z
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-17 13:39 by ObVzqQQh1rrE
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 23jxep3nCNZb 2026-09-14 5/250 2026-09-17 13:29 by ObVzqQQh1rrE
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 23jxep3nCNZb 2026-09-14 6/300 2026-09-17 13:29 by ObVzqQQh1rrE
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-17 13:17 by ObVzqQQh1rrE
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 4/200 2026-09-17 06:26 by k06BKNblrGRH
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 4/200 2026-09-17 05:50 by k06BKNblrGRH
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-17 03:14 by Tql5LQhh5rLK
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 7/350 2026-09-17 02:02 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-16 21:03 by MHf40yA0Uhyb
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-16 19:15 by rRvxEj3zorCy
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-16 02:35 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:23 by CgyNCDVNhGVg
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-15 14:58 by CgyNCDVNhGVg
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭