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[交流]
【求助/交流】求助：新菌种如何建立系统发育树？
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在实验室通过分离纯化得到一个未知的新菌种，现在对其进行16S rDNA扩增，已经送去测序，不知道得到基因序列后应该怎么利用Genbank对其进行16S rDNA基因序列核苷酸同源性比较？然后使用MEGA 2.1中的Neighbor Joining法绘制系统发育进化树。求教各位有经验的虫子！ 因为是毫无经验的虫子，希望说的越详细越好。 实验卡在这里了，急求解决的办法，不胜感激！ |
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hj122(金币+10,VIP+0):非常感谢你给我的帮助，我会好好学习的，希望你实验顺利。 12-9 14:50
hj122(金币+10,VIP+0):非常感谢你给我的帮助，我会好好学习的，希望你实验顺利。 12-9 14:50
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ncbi blast: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome 将序列用txt打开，复制，粘贴进去，注意，下边一定 要选“ Others (nr etc.): ”，不是默认的“Human genomic + transcript”！，然后就等着，结果会根据相似度高低排列下来。 做系统树很多软件都可，dnaman，dnastar，etc.. |
10楼2009-12-08 15:34:43
qiang84zhang
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 444.3
- 帖子: 475
- 在线: 2.3小时
- 虫号: 895117
- 注册: 2009-11-06
- 性别: GG
- 专业: 生物化学与分子生物学
2楼2009-12-07 17:49:23
3楼2009-12-07 21:24:17
4楼2009-12-07 21:52:45