应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】求Amber学习教程
101/1返回列表
查看: 1337  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

20050355

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求Amber学习教程

我想学习Amber,但是基础很差，请各位高手，前辈指点几本书和资料！谢谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:12 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-11-11 11:41:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 11-26 10:37
本帖内容被屏蔽
2楼2009-11-17 20:43:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-18 13:56
amber是基于经典动力学的，所以书的话可以看看一些分子动力学的经典教材，论坛上都有，下回去慢慢看。
软件的话，在分子模拟论坛上，有入门级的实践指南，照着一步一步的用，就会了。
接下来就是使用amber自己的manual来学习。
剩下的就是看一些相关的文献，了解里面的力场（力场之间的不同，适用于什么样的体系），处理方法（热浴，退火，拉伸，局部提高抽样，复制品交换等等），分析方法（RMSD，energy，hydrogen bond，free energy calculation etc.）。
赞一下(12人) 回复此楼
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
3楼2009-11-18 13:35:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gjj09

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
说得很有道理，我这个新手也有头绪了，谢谢
赞一下(1人) 回复此楼
命定的局限故可用在，不屈的挑战却不可须臾或缺！
4楼2009-11-19 08:50:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

江湖俊杰

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-21 12:54
AMBER主页里有相关的教程，有300多页，看完了对amber就要很大的了解 了
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2009-11-20 20:40:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 11-26 10:37
我开始学的时候也是按Amber主页上的学的，自己试一遍基本上就差不多了
赞一下(11人) 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
6楼2009-11-25 20:45:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
请问软件在哪能下。
赞一下 回复此楼
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
7楼2009-12-14 08:54:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:10
软件是收费的，在amber的官网能下载免费的AmberTools，可以用于分析部分。至于Amber的计算部分，据说是有破解的版本，楼主可以找找！
赞一下(11人) 回复此楼
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
8楼2009-12-14 13:15:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

20050355

银虫 (小有名气)
谢谢  前辈指导
回复此楼
9楼2009-12-25 10:46:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haibo8711

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-15 18:59
可以进入这个网页学习
http://www.rosswalker.co.uk/tutorials/amber_workshop/
赞一下(3人) 回复此楼
10楼2010-03-15 18:45:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 20050355 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:29 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-11 04:21 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:12 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:10 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:32 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-11 01:24 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:10 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:45 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭