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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】求Amber学习教程
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20050355

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求Amber学习教程

我想学习Amber,但是基础很差，请各位高手，前辈指点几本书和资料！谢谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:12 ]
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1楼 2009-11-11 11:41:35
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 11-26 10:37
本帖内容被屏蔽
2楼2009-11-17 20:43:53
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
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zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-18 13:56
amber是基于经典动力学的，所以书的话可以看看一些分子动力学的经典教材，论坛上都有，下回去慢慢看。
软件的话，在分子模拟论坛上，有入门级的实践指南，照着一步一步的用，就会了。
接下来就是使用amber自己的manual来学习。
剩下的就是看一些相关的文献，了解里面的力场（力场之间的不同，适用于什么样的体系），处理方法（热浴，退火，拉伸，局部提高抽样，复制品交换等等），分析方法（RMSD，energy，hydrogen bond，free energy calculation etc.）。
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
3楼2009-11-18 13:35:04
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gjj09

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
说得很有道理，我这个新手也有头绪了，谢谢
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命定的局限故可用在，不屈的挑战却不可须臾或缺！
4楼2009-11-19 08:50:45
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江湖俊杰

新虫 (初入文坛)
★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-21 12:54
AMBER主页里有相关的教程，有300多页，看完了对amber就要很大的了解 了
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5楼2009-11-20 20:40:45
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 11-26 10:37
我开始学的时候也是按Amber主页上的学的，自己试一遍基本上就差不多了
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
6楼2009-11-25 20:45:23
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
请问软件在哪能下。
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
7楼2009-12-14 08:54:11
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:10
软件是收费的，在amber的官网能下载免费的AmberTools，可以用于分析部分。至于Amber的计算部分，据说是有破解的版本，楼主可以找找！
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
8楼2009-12-14 13:15:46
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20050355

银虫 (小有名气)
谢谢  前辈指导
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9楼2009-12-25 10:46:40
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haibo8711

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-15 18:59
可以进入这个网页学习
http://www.rosswalker.co.uk/tutorials/amber_workshop/
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10楼2010-03-15 18:45:34
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