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20050355

银虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 361.4
帖子: 92
在线: 12.7小时
虫号: 505781
注册: 2008-02-17
专业: 药物设计

[交流] 【求助】求Amber学习教程

我想学习Amber,但是基础很差，请各位高手，前辈指点几本书和资料！谢谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:12 ]

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1楼 2009-11-11 11:41:35

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhuhongaaa

金虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 396.9
红花: 2
帖子: 607
在线: 23小时
虫号: 748787
注册: 2009-04-14
性别: GG
专业: 高分子物理与高分子物理化

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-18 13:56

amber是基于经典动力学的，所以书的话可以看看一些分子动力学的经典教材，论坛上都有，下回去慢慢看。
软件的话，在分子模拟论坛上，有入门级的实践指南，照着一步一步的用，就会了。
接下来就是使用amber自己的manual来学习。
剩下的就是看一些相关的文献，了解里面的力场（力场之间的不同，适用于什么样的体系），处理方法（热浴，退火，拉伸，局部提高抽样，复制品交换等等），分析方法（RMSD，energy，hydrogen bond，free energy calculation etc.）。