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我想学习Amber,但是基础很差，请各位高手，前辈指点几本书和资料！谢谢！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:12 ] |
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gjj09
木虫 (小有名气)
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4楼2009-11-19 08:50:45
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2楼2009-11-17 20:43:53
zhuhongaaa
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amber是基于经典动力学的，所以书的话可以看看一些分子动力学的经典教材，论坛上都有，下回去慢慢看。 软件的话，在分子模拟论坛上，有入门级的实践指南，照着一步一步的用，就会了。 接下来就是使用amber自己的manual来学习。 剩下的就是看一些相关的文献，了解里面的力场（力场之间的不同，适用于什么样的体系），处理方法（热浴，退火，拉伸，局部提高抽样，复制品交换等等），分析方法（RMSD，energy，hydrogen bond，free energy calculation etc.）。 |
3楼2009-11-18 13:35:04
5楼2009-11-20 20:40:45
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