24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1018  |  回复: 9
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

20050355

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求Amber学习教程

我想学习Amber,但是基础很差,请各位高手,前辈指点几本书和资料!谢谢!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:12 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuhongaaa

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:10
软件是收费的,在amber的官网能下载免费的AmberTools,可以用于分析部分。至于Amber的计算部分,据说是有破解的版本,楼主可以找找!
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
8楼2009-12-14 13:15:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 11-26 10:37
本帖内容被屏蔽

2楼2009-11-17 20:43:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuhongaaa

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流! 11-18 13:56
amber是基于经典动力学的,所以书的话可以看看一些分子动力学的经典教材,论坛上都有,下回去慢慢看。
软件的话,在分子模拟论坛上,有入门级的实践指南,照着一步一步的用,就会了。
接下来就是使用amber自己的manual来学习。
剩下的就是看一些相关的文献,了解里面的力场(力场之间的不同,适用于什么样的体系),处理方法(热浴,退火,拉伸,局部提高抽样,复制品交换等等),分析方法(RMSD,energy,hydrogen bond,free energy calculation etc.)。
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
3楼2009-11-18 13:35:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gjj09

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
说得很有道理,我这个新手也有头绪了,谢谢
命定的局限故可用在,不屈的挑战却不可须臾或缺!
4楼2009-11-19 08:50:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见