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【求助】求Amber学习教程
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我想学习Amber,但是基础很差,请各位高手,前辈指点几本书和资料!谢谢! [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:12 ] |
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zhuhongaaa
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8楼2009-12-14 13:15:46
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 11-26 10:37
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2楼2009-11-17 20:43:53
zhuhongaaa
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zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流! 11-18 13:56
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amber是基于经典动力学的,所以书的话可以看看一些分子动力学的经典教材,论坛上都有,下回去慢慢看。 软件的话,在分子模拟论坛上,有入门级的实践指南,照着一步一步的用,就会了。 接下来就是使用amber自己的manual来学习。 剩下的就是看一些相关的文献,了解里面的力场(力场之间的不同,适用于什么样的体系),处理方法(热浴,退火,拉伸,局部提高抽样,复制品交换等等),分析方法(RMSD,energy,hydrogen bond,free energy calculation etc.)。 |

3楼2009-11-18 13:35:04
gjj09
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4楼2009-11-19 08:50:45













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