应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 细菌16s rDNA测序的问题
171/2返回列表12下一页
查看: 1511  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

fanxing001

铜虫 (小有名气)

[交流] 细菌16s rDNA测序的问题

各位，我做细菌16s rDNA的测定，选择了F27和R1492的通用引物，测序前算了一下，结果应该是1492-27=1465个碱基，拿去测序后，发现结果只有1200个碱基（如图），是不是测序人员看到后面结果比较乱就自动停止测序了啊？还有，我给公司打电话，他们说只保证前几百个碱基结果没问题，那我用这几百个碱基序列去BLAST，去判断该细菌所属的种属，结果是否依然具有说服力？

[ Last edited by amisking on 2009-9-24 at 21:16 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-09-24 17:32:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fykxy_206

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+3,VIP+0): 9-24 21:13
测序的结果显示有重叠的峰，应该是菌有污染。你重新做一次，PCR的东西要灭菌，操作戴手套。细菌很容易污染。

电泳图有吗？有跟目的条带一样大小的带吗？

如果是一条带和目的条带一样，建议做个克隆试试。
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-09-24 17:55:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanxing001

铜虫 (小有名气)
应该没问题，前几百个序列图没问题，只是后面的由于太长，所以无法得到很齐整的峰。
赞一下 回复此楼
3楼2009-09-24 20:47:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annwt

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
500-800是有效的，其他的不保证正确。技术高了应该是600－800左右，
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2009-09-24 21:10:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
为什么不测两个反应呢？这样不就可以保证测出来的都是正确的了吗？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2009-09-24 21:17:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanxing001

铜虫 (小有名气)
我需要测大量细菌的16s，如果双向的话，造价太高了···    不知道用几百个序列去比对的话，是否具有说服力。
赞一下 回复此楼
6楼2009-09-24 23:05:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by fanxing001 at 2009-9-24 23:05:
我需要测大量细菌的16s，如果双向的话，造价太高了···    不知道用几百个序列去比对的话，是否具有说服力。

不是双向，我们一般侧序的话都是单向的，但是1个反应只能准确测得800bp左右，你要测1500的话需要两个反应，这两个反应都是同向的。你要试验准确，有说服力的话当然要完全测了。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2009-09-24 23:19:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanxing001

铜虫 (小有名气)
哦，似乎明白你的意思了。就是说，我拿一个测序引物，告诉测序公司给我测2个反应，他们就能在800个碱剂时再加一个反应吗？
赞一下 回复此楼
8楼2009-09-24 23:41:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smallcat227

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
一个反应只能保证800bp是可靠的，16s肯定要正反两个反应啊，就多30块钱嘛，为了结果准确是必须的啊
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2009-09-25 09:14:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njlf1258

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不知你测序是在那家公司做的。一般现在大公司使用的测序仪能保证测序到约1200bp。对你来说事先应该对测序公司讲明，你要测通，这样公司就会将你的全序列测出来。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2009-09-25 10:18:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fanxing001 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 华师大读博 +3 xq83 2026-04-22 3/150 2026-04-22 03:56 by 啊哒哒哒叨
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 8/400 2026-04-21 16:26 by 啃面包的小书虫
[考研] 一志愿A区211，22408 321求调剂 +7 随心所欲☆ 2026-04-15 8/400 2026-04-21 08:22 by Equinoxhua
[考研] 295分求调剂 +6 ?要上岸? 2026-04-17 6/300 2026-04-21 08:18 by Equinoxhua
[考研] 一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗 +11 否极泰来2026 2026-04-15 13/650 2026-04-20 22:31 by Equinoxhua
[论文投稿] 期刊推荐 +3 材料研究生 2026-04-15 5/250 2026-04-20 16:02 by 豆豆7758
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +4 yexuqing 2026-04-19 4/200 2026-04-20 14:47 by brantleo
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 294求调剂 +15 淡然654321 2026-04-15 15/750 2026-04-19 08:20 by cuisz
[考研] 0854求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-15 27/1350 2026-04-19 01:59 by 烟雨流涯
[考研] 300求调剂 +12 橙a777 2026-04-15 12/600 2026-04-18 23:51 by 路病情
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +8 小蜗牛* 2026-04-16 8/400 2026-04-18 11:15 by zixin2025
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭