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herot

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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Originally posted by njlf1258 at 2009-9-25 10:18:
不知你测序是在那家公司做的。一般现在大公司使用的测序仪能保证测序到约1200bp。对你来说事先应该对测序公司讲明,你要测通,这样公司就会将你的全序列测出来。

一个反应保证600-800bp,任何一家测序公司都不可能到1200的。
1500要么walking测通,要么双向测通。
树欲静而风不止
11楼2009-09-25 11:28:43
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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Originally posted by fanxing001 at 2009-9-24 23:41:
哦,似乎明白你的意思了。就是说,我拿一个测序引物,告诉测序公司给我测2个反应,他们就能在800个碱剂时再加一个反应吗?

是的,只要是要求测通,他会在中间再给你设计一条引物,然后给你拼接起来。
12楼2009-09-25 19:39:31
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經天

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+2,VIP+0): 10-10 17:22
一看就知道是第一次测序,一个反应保500-800bp,首尾的一些序列都要删掉,16s'的一般要测两个反应,我测过几十个都没有什么问题,得到了序列长度随着菌株不同长短也不一样,建议以后测序要双向测通,两个反应,然后一定要测序公司给你拼接,直接得到序列,省很多事情。
一种与世无争的上进,内在的坚毅和质朴无华的大度!【穷吾一生而追求之!】
13楼2009-09-25 22:02:11
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xianzhao


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
细菌16s一般要两个反应才能测通。
14楼2009-09-30 09:42:43
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天鸟

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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Originally posted by 經天 at 2009-9-25 22:02:
一看就知道是第一次测序,一个反应保500-800bp,首尾的一些序列都要删掉,16s'的一般要测两个反应,我测过几十个都没有什么问题,得到了序列长度随着菌株不同长短也不一样,建议以后测序要双向测通,两个反应,然 ...

能仔细说说这个测序是怎么搞得不,我的理解是:两个反应是27F测出一个图,自己剪切得到一段测得比较好的序列;R1492测出一个图,自己再剪切那些测得比较好的序列,然后通过软件将一条序列互补,互补链再与没有互补的那条对比
,连接成一个全长的序列
是这个过程不,谢谢指教
快乐生活,我快乐
15楼2009-10-10 00:02:31
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蝈蝈和月亮

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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Originally posted by 天鸟 at 2009-10-10 00:02:
能仔细说说这个测序是怎么搞得不,我的理解是:两个反应是27F测出一个图,自己剪切得到一段测得比较好的序列;R1492测出一个图,自己再剪切那些测得比较好的序列,然后通过软件将一条序列互补,互补链再与没有互补 ...

若你是用PCR产物直接测序,则测序引物是PCR使用的引物;若是建克隆,送菌液测序,则测序引物应该是载体引物。一般16S的一千多bp 的长度最好用两个反应双向测通,得到测序结果后,自己用contig软件将两条序列及你自己的引物进行连接,无须自己剪切。
16楼2009-10-10 17:16:24
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天鸟

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 蝈蝈和月亮 at 2009-10-10 17:16:

若你是用PCR产物直接测序,则测序引物是PCR使用的引物;若是建克隆,送菌液测序,则测序引物应该是载体引物。一般16S的一千多bp 的长度最好用两个反应双向测通,得到测序结果后,自己用contig软件将两条序列及你 ...

谢谢您
快乐生活,我快乐
17楼2009-10-11 00:29:55
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