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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 细菌16s rDNA测序的问题
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herot

金虫 (小有名气)
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Originally posted by njlf1258 at 2009-9-25 10:18:
不知你测序是在那家公司做的。一般现在大公司使用的测序仪能保证测序到约1200bp。对你来说事先应该对测序公司讲明，你要测通，这样公司就会将你的全序列测出来。

一个反应保证600-800bp，任何一家测序公司都不可能到1200的。
1500要么walking测通，要么双向测通。
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树欲静而风不止
11楼2009-09-25 11:28:43
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
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Originally posted by fanxing001 at 2009-9-24 23:41:
哦，似乎明白你的意思了。就是说，我拿一个测序引物，告诉测序公司给我测2个反应，他们就能在800个碱剂时再加一个反应吗？

是的，只要是要求测通，他会在中间再给你设计一条引物，然后给你拼接起来。
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12楼2009-09-25 19:39:31
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經天

铁杆木虫 (著名写手)
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amisking(金币+2,VIP+0): 10-10 17:22
一看就知道是第一次测序，一个反应保500-800bp，首尾的一些序列都要删掉，16s'的一般要测两个反应，我测过几十个都没有什么问题，得到了序列长度随着菌株不同长短也不一样，建议以后测序要双向测通，两个反应，然后一定要测序公司给你拼接，直接得到序列，省很多事情。
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一种与世无争的上进，内在的坚毅和质朴无华的大度！【穷吾一生而追求之！】
13楼2009-09-25 22:02:11
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xianzhao

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细菌16s一般要两个反应才能测通。
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14楼2009-09-30 09:42:43
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天鸟

木虫 (正式写手)
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Originally posted by 經天 at 2009-9-25 22:02:
一看就知道是第一次测序，一个反应保500-800bp，首尾的一些序列都要删掉，16s'的一般要测两个反应，我测过几十个都没有什么问题，得到了序列长度随着菌株不同长短也不一样，建议以后测序要双向测通，两个反应，然 ...

能仔细说说这个测序是怎么搞得不，我的理解是：两个反应是27F测出一个图，自己剪切得到一段测得比较好的序列；R1492测出一个图，自己再剪切那些测得比较好的序列，然后通过软件将一条序列互补，互补链再与没有互补的那条对比
，连接成一个全长的序列
是这个过程不，谢谢指教
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快乐生活，我快乐
15楼2009-10-10 00:02:31
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蝈蝈和月亮

新虫 (初入文坛)
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Originally posted by 天鸟 at 2009-10-10 00:02:
能仔细说说这个测序是怎么搞得不，我的理解是：两个反应是27F测出一个图，自己剪切得到一段测得比较好的序列；R1492测出一个图，自己再剪切那些测得比较好的序列，然后通过软件将一条序列互补，互补链再与没有互补 ...

若你是用PCR产物直接测序，则测序引物是PCR使用的引物；若是建克隆，送菌液测序，则测序引物应该是载体引物。一般16S的一千多bp 的长度最好用两个反应双向测通，得到测序结果后，自己用contig软件将两条序列及你自己的引物进行连接，无须自己剪切。
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16楼2009-10-10 17:16:24
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天鸟

木虫 (正式写手)
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Originally posted by 蝈蝈和月亮 at 2009-10-10 17:16:

若你是用PCR产物直接测序，则测序引物是PCR使用的引物；若是建克隆，送菌液测序，则测序引物应该是载体引物。一般16S的一千多bp 的长度最好用两个反应双向测通，得到测序结果后，自己用contig软件将两条序列及你 ...

谢谢您
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快乐生活，我快乐
17楼2009-10-11 00:29:55
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