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fanxing001

铜虫 (小有名气)

[交流] 细菌16s rDNA测序的问题

各位,我做细菌16s rDNA的测定,选择了F27和R1492的通用引物,测序前算了一下,结果应该是1492-27=1465个碱基,拿去测序后,发现结果只有1200个碱基(如图),是不是测序人员看到后面结果比较乱就自动停止测序了啊?还有,我给公司打电话,他们说只保证前几百个碱基结果没问题,那我用这几百个碱基序列去BLAST,去判断该细菌所属的种属,结果是否依然具有说服力?

[ Last edited by amisking on 2009-9-24 at 21:16 ]
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經天

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
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amisking(金币+2,VIP+0): 10-10 17:22
一看就知道是第一次测序,一个反应保500-800bp,首尾的一些序列都要删掉,16s'的一般要测两个反应,我测过几十个都没有什么问题,得到了序列长度随着菌株不同长短也不一样,建议以后测序要双向测通,两个反应,然后一定要测序公司给你拼接,直接得到序列,省很多事情。
一种与世无争的上进,内在的坚毅和质朴无华的大度!【穷吾一生而追求之!】
13楼2009-09-25 22:02:11
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fykxy_206

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
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amisking(金币+3,VIP+0): 9-24 21:13
测序的结果显示有重叠的峰,应该是菌有污染。你重新做一次,PCR的东西要灭菌,操作戴手套。细菌很容易污染。

电泳图有吗?有跟目的条带一样大小的带吗?

如果是一条带和目的条带一样,建议做个克隆试试。
2楼2009-09-24 17:55:17
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fanxing001

铜虫 (小有名气)

应该没问题,前几百个序列图没问题,只是后面的由于太长,所以无法得到很齐整的峰。
3楼2009-09-24 20:47:10
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annwt

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
500-800是有效的,其他的不保证正确。技术高了应该是600-800左右,
4楼2009-09-24 21:10:01
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