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汕头大学海洋科学接受调剂
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fanxing001

铜虫 (小有名气)

[交流] 细菌16s rDNA测序的问题

各位,我做细菌16s rDNA的测定,选择了F27和R1492的通用引物,测序前算了一下,结果应该是1492-27=1465个碱基,拿去测序后,发现结果只有1200个碱基(如图),是不是测序人员看到后面结果比较乱就自动停止测序了啊?还有,我给公司打电话,他们说只保证前几百个碱基结果没问题,那我用这几百个碱基序列去BLAST,去判断该细菌所属的种属,结果是否依然具有说服力?

[ Last edited by amisking on 2009-9-24 at 21:16 ]
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annwt

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
500-800是有效的,其他的不保证正确。技术高了应该是600-800左右,
4楼2009-09-24 21:10:01
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fykxy_206

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+3,VIP+0): 9-24 21:13
测序的结果显示有重叠的峰,应该是菌有污染。你重新做一次,PCR的东西要灭菌,操作戴手套。细菌很容易污染。

电泳图有吗?有跟目的条带一样大小的带吗?

如果是一条带和目的条带一样,建议做个克隆试试。
2楼2009-09-24 17:55:17
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fanxing001

铜虫 (小有名气)

应该没问题,前几百个序列图没问题,只是后面的由于太长,所以无法得到很齐整的峰。
3楼2009-09-24 20:47:10
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
为什么不测两个反应呢?这样不就可以保证测出来的都是正确的了吗?
5楼2009-09-24 21:17:22
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