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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问DS2.1跑完动力学之后，求平均结构出现问题
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arthurii

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问DS2.1跑完动力学之后，求平均结构出现问题

跑完之后，我只知道用Analyze Trajectory可以看变化程度那些。
如果要分析平均结构，除了手动看运动轨迹自己总结以外，有自动求平均的工具吗？
[这个已经解决]
找了这个选项，但是运行出现一个提示框，没有结果。
提示框信息在6楼。
请教

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:23 ]
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1楼 2009-08-28 14:06:37
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tanlaixun

禁言 (知名作家)
★
arthurii(金币+1):谢谢参与
本帖内容被屏蔽
2楼2009-08-28 18:56:15
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arthurii

木虫 (正式写手)
……我感觉应该有，但是没找到
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3楼2009-08-28 19:12:22
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
arthurii(金币+1):谢谢参与
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):谢谢 8-29 13:59
我觉得，应该是用运动轨迹的最低点的构像。
赞一下(7人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2009-08-29 11:49:19
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童心

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
arthurii(金币+1):谢谢参与
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):谢谢你的耐心 8-29 16:51
arthurii(金币+4,VIP+0):多谢MM，多次提供帮助 8-29 17:01
现在DS2.5里面有个这个功能的，这下手头没开ds，印象里面就是script那个？就是大菜单栏里面有个分析结合构象下面同时有这个
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5楼2009-08-29 16:20:44
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arthurii

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 童心 at 2009-8-29 16:20:
现在DS2.5里面有个这个功能的，这下手头没开ds，印象里面就是script那个？就是大菜单栏里面有个分析结合构象下面同时有这个

Thank you very much. 找到了，
那个目录下的，
Calculate Average Structure吧？
我用的DS2.1，提示一个东西

There are 1 item（s） with conformations.
Warning: The API Mdm::Molecule::Label has been renamed to Mdm::Molecule::Name, which will automacally be called until the script is updated.Please refer to the documentation and update your scripts to use the renamed API instead.at file line 48 in access to Label.

Work on: 2HY9 with 1000 conformation(s).
This script will create an average conformation.

Number of atoms in conformation is different.

然后什么其他的都没出来。我看这段东西看的不是很懂，求教。

[ Last edited by arthurii on 2009-8-29 at 17:20 ]
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6楼2009-08-29 16:57:24
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童心

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
arthurii(金币+2,VIP+0): 8-30 12:50
arthurii(金币+1,VIP+0):感谢，在站内信息中回答了不少问题 9-8 21:25
印象里面2.1没这个吧？ms这个是2.5的功能？不过看你的warning，你这个script好像有点问题吧，这个导致你说的没有结果
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7楼2009-08-30 11:53:08
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arthurii

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 童心 at 2009-8-30 11:53:
印象里面2.1没这个吧？ms这个是2.5的功能？不过看你的warning，你这个script好像有点问题吧，这个导致你说的没有结果

2.1有这个选项，但是出现过那个warning，也不是每次都出现，就是把杂原子去掉了就出现这个。

具体这个功能2.1是不是能用我不是很清楚，结构是有的，但就完全不是平均结构，只是conformation的最后一帧
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8楼2009-08-30 12:49:46
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 9-8 21:53
问题已经解决，
顺便总结一下,为了和我一样不会的同志……让人笑话了……
求平均结构：Scripts-->Structure Editing-->Calculate Average structure
计算前最好把动力学的conformation尽量减少点，因为好容易死机……水，离子可以去除了再算，貌似删的太干净就会有提示不给算……
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9楼2009-09-08 21:24:57
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