| 查看: 730 | 回复: 8 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
sijifengsd银虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】分子对接小分子的柔性太大怎么克服？
|
||
|
各位高手： 我在做分子对接的时候小分子柔性很大有两条侧链，用Autodock 刚性对接的时候老是摆动很大，没法达到结合位点。 请问有没有好的办法？ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:48 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有12人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有3人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
-
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？
已经有3人回复
-
2026博士申请-功能高分子，水凝胶方向
已经有6人回复
-
论文投稿，期刊推荐
已经有4人回复
-
硕士和导师闹得不愉快
已经有13人回复
-
请问2026国家基金面上项目会启动申2停1吗
已经有5人回复
-
同一篇文章，用不同账号投稿对编辑决定是否送审有没有影响？
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
2楼2009-08-15 16:08:51
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 6869.3
- 红花: 16
- 帖子: 2615
- 在线: 448小时
- 虫号: 338983
- 注册: 2007-04-05
- 性别: GG
- 专业: 抗肿瘤药物药理
3楼2009-08-17 06:55:32
sijifengsd
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 273.7
- 散金: 50
- 红花: 2
- 帖子: 94
- 在线: 12.1小时
- 虫号: 794988
- 注册: 2009-06-15
- 性别: GG
- 专业: 物理化学
4楼2009-08-18 20:13:24
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 6869.3
- 红花: 16
- 帖子: 2615
- 在线: 448小时
- 虫号: 338983
- 注册: 2007-04-05
- 性别: GG
- 专业: 抗肿瘤药物药理
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0):呵呵，你也不看看楼主一共才12.5个金币而已啊。我给你奖励吧，还请tjegg不吝赐教，谢谢！ 8-19 08:59
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):亲爱的tjegg虫友，奖励已经给你了，可以说出你的妙方了吗？呵呵 8-19 09:17
sijifengsd(金币+2,VIP+0):谢谢，你的办法也很好，可是当时一下子发光了，所以忘了给，现在补上 8-20 10:17
yjcmwgk(金币+8,VIP+0):还没给出你的妙方吗？我们等的花都谢了……再给你8金币贿赂一下。还想继续保持缄默吗？ 9-4 18:43
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):在这个帖子上你已经得到了13.5个金币了，可以说了吧？ 9-4 18:44
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0):呵呵，你也不看看楼主一共才12.5个金币而已啊。我给你奖励吧，还请tjegg不吝赐教，谢谢！ 8-19 08:59
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):亲爱的tjegg虫友，奖励已经给你了，可以说出你的妙方了吗？呵呵 8-19 09:17
sijifengsd(金币+2,VIP+0):谢谢，你的办法也很好，可是当时一下子发光了，所以忘了给，现在补上 8-20 10:17
yjcmwgk(金币+8,VIP+0):还没给出你的妙方吗？我们等的花都谢了……再给你8金币贿赂一下。还想继续保持缄默吗？ 9-4 18:43
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):在这个帖子上你已经得到了13.5个金币了，可以说了吧？ 9-4 18:44
| LZ太小气，一点奖励都没给，还有个主意，算了，不献丑了。 |
5楼2009-08-18 23:33:18
sijifengsd
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 273.7
- 散金: 50
- 红花: 2
- 帖子: 94
- 在线: 12.1小时
- 虫号: 794988
- 注册: 2009-06-15
- 性别: GG
- 专业: 物理化学
6楼2009-08-20 18:27:25
7楼2009-09-04 16:26:16
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 6869.3
- 红花: 16
- 帖子: 2615
- 在线: 448小时
- 虫号: 338983
- 注册: 2007-04-05
- 性别: GG
- 专业: 抗肿瘤药物药理
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sijifengsd(金币+3,VIP+0):谢谢啦，感觉您说的很有道理，我验证一下 9-14 10:49
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sijifengsd(金币+3,VIP+0):谢谢啦，感觉您说的很有道理，我验证一下 9-14 10:49
|
刚下飞机，出差回来，才发现金钱长了不少，但是时间过了近一个月，忘了当时想的主意了，只记得还是用SYBYL的限定条件尝试。 我重新想了想，既然你没有SYBYL，可以用DOCK，这个免费。要达到你的目的： 1。box设定小些，可以考虑4A 2。先确定你的小分子主核结构取向，在DOCK设定中orientation，可以取40-80个。 当然最好对接后，再用InsightII做分子力学和动力学优化，得到合理的结合构象，凭经验看各自多个构象优化后的相互作用能，再确定可能的模式。。。 不知我讲清楚了吗？ 好了，也对得起你给的这点钱了，呵呵。 |
8楼2009-09-10 00:31:57
sijifengsd
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 273.7
- 散金: 50
- 红花: 2
- 帖子: 94
- 在线: 12.1小时
- 虫号: 794988
- 注册: 2009-06-15
- 性别: GG
- 专业: 物理化学
9楼2009-09-14 10:55:08