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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接小分子的柔性太大怎么克服？
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子对接小分子的柔性太大怎么克服？

各位高手：
     我在做分子对接的时候小分子柔性很大有两条侧链，用Autodock 刚性对接的时候老是摆动很大，没法达到结合位点。
     请问有没有好的办法？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:48 ]
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似水年华
1楼 2009-08-15 11:16:16
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fantastic

银虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):感谢交流 8-15 19:42
sijifengsd(金币+3,VIP+0):谢谢，可以 8-18 20:04
如果你是用autodock的话，你可以设置旋转键来控制其柔性啊。torsion tree，你查看下吧
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2楼2009-08-15 16:08:51
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):感谢交流 8-17 09:05
可用SYBYL中build/edit>...>static>bond即可。
赞一下(6人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2009-08-17 06:55:32
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

To yjcmwgk

yjcmwgk(金币+0,VIP+0):试试合作单位吧。SYBYL这个软件是tjegg提出来的 8-19 09:14
谢谢，我们没有这个软件的版权啊
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似水年华
4楼2009-08-18 20:13:24
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0):呵呵，你也不看看楼主一共才12.5个金币而已啊。我给你奖励吧，还请tjegg不吝赐教，谢谢！ 8-19 08:59
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):亲爱的tjegg虫友，奖励已经给你了，可以说出你的妙方了吗？呵呵 8-19 09:17
sijifengsd(金币+2,VIP+0):谢谢，你的办法也很好，可是当时一下子发光了，所以忘了给，现在补上 8-20 10:17
yjcmwgk(金币+8,VIP+0):还没给出你的妙方吗？我们等的花都谢了……再给你8金币贿赂一下。还想继续保持缄默吗？ 9-4 18:43
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):在这个帖子上你已经得到了13.5个金币了，可以说了吧？ 9-4 18:44
LZ太小气，一点奖励都没给，还有个主意，算了，不献丑了。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2009-08-18 23:33:18
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

tjegg,您好

在下想讨教一下你的想法，说说吧
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似水年华
6楼2009-08-20 18:27:25
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anyone1350

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 9-4 18:40
sijifengsd(金币+2,VIP+0):谢谢，最近比较忙，刚从外地回来，谢谢回复 9-14 10:48
torsion tree是可以改变柔性残基中旋转键的多少的
而且柔性残基一般不能选的太多，否则结果也不理想
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7楼2009-09-04 16:26:16
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sijifengsd(金币+3,VIP+0):谢谢啦，感觉您说的很有道理，我验证一下 9-14 10:49
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-8-18 23:33:
LZ太小气，一点奖励都没给，还有个主意，算了，不献丑了。

刚下飞机，出差回来，才发现金钱长了不少，但是时间过了近一个月，忘了当时想的主意了，只记得还是用SYBYL的限定条件尝试。

我重新想了想，既然你没有SYBYL，可以用DOCK，这个免费。要达到你的目的：
1。box设定小些，可以考虑4A
2。先确定你的小分子主核结构取向，在DOCK设定中orientation，可以取40-80个。

当然最好对接后，再用InsightII做分子力学和动力学优化，得到合理的结合构象，凭经验看各自多个构象优化后的相互作用能，再确定可能的模式。。。

不知我讲清楚了吗？

好了，也对得起你给的这点钱了，呵呵。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2009-09-10 00:31:57
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

请教

引用回帖:
Originally posted by anyone1350 at 2009-9-4 16:26:
torsion tree是可以改变柔性残基中旋转键的多少的
而且柔性残基一般不能选的太多，否则结果也不理想

请问，你这里说的柔性残基不能选的太多是什么意思？是在torsion tree限制旋转不能太多，还是保留下来的不能太多啊？
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似水年华
9楼2009-09-14 10:55:08
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