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sijifengsd

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】分子对接小分子的柔性太大怎么克服？

各位高手：
我在做分子对接的时候小分子柔性很大有两条侧链，用Autodock 刚性对接的时候老是摆动很大，没法达到结合位点。
请问有没有好的办法？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:48 ]

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似水年华

1楼 2009-08-15 11:16:16

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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

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专业: 抗肿瘤药物药理

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sijifengsd(金币+3,VIP+0):谢谢啦，感觉您说的很有道理，我验证一下 9-14 10:49

引用回帖:

Originally posted by tjegg at 2009-8-18 23:33:
LZ太小气，一点奖励都没给，还有个主意，算了，不献丑了。

刚下飞机，出差回来，才发现金钱长了不少，但是时间过了近一个月，忘了当时想的主意了，只记得还是用SYBYL的限定条件尝试。

我重新想了想，既然你没有SYBYL，可以用DOCK，这个免费。要达到你的目的：
1。box设定小些，可以考虑4A
2。先确定你的小分子主核结构取向，在DOCK设定中orientation，可以取40-80个。

当然最好对接后，再用InsightII做分子力学和动力学优化，得到合理的结合构象，凭经验看各自多个构象优化后的相互作用能，再确定可能的模式。。。

不知我讲清楚了吗？

好了，也对得起你给的这点钱了，呵呵。