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sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子对接小分子的柔性太大怎么克服?

各位高手:
     我在做分子对接的时候小分子柔性很大有两条侧链,用Autodock 刚性对接的时候老是摆动很大,没法达到结合位点。
     请问有没有好的办法?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:48 ]
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似水年华
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


yjcmwgk(金币+1,VIP+0):感谢交流 8-17 09:05
可用SYBYL中build/edit>...>static>bond即可。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
3楼2009-08-17 06:55:32
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查看全部 9 个回答

fantastic

银虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):感谢交流 8-15 19:42
sijifengsd(金币+3,VIP+0):谢谢,可以 8-18 20:04
如果你是用autodock的话,你可以设置旋转键来控制其柔性啊。torsion tree,你查看下吧
2楼2009-08-15 16:08:51
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

To yjcmwgk

yjcmwgk(金币+0,VIP+0):试试合作单位吧。SYBYL这个软件是tjegg提出来的 8-19 09:14
谢谢,我们没有这个软件的版权啊
似水年华
4楼2009-08-18 20:13:24
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0):呵呵,你也不看看楼主一共才12.5个金币而已啊。我给你奖励吧,还请tjegg不吝赐教,谢谢! 8-19 08:59
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):亲爱的tjegg虫友,奖励已经给你了,可以说出你的妙方了吗?呵呵 8-19 09:17
sijifengsd(金币+2,VIP+0):谢谢,你的办法也很好,可是当时一下子发光了,所以忘了给,现在补上 8-20 10:17
yjcmwgk(金币+8,VIP+0):还没给出你的妙方吗?我们等的花都谢了……再给你8金币贿赂一下。还想继续保持缄默吗? 9-4 18:43
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):在这个帖子上你已经得到了13.5个金币了,可以说了吧? 9-4 18:44
LZ太小气,一点奖励都没给,还有个主意,算了,不献丑了。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
5楼2009-08-18 23:33:18
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