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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接小分子的柔性太大怎么克服？
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子对接小分子的柔性太大怎么克服？

各位高手：
     我在做分子对接的时候小分子柔性很大有两条侧链，用Autodock 刚性对接的时候老是摆动很大，没法达到结合位点。
     请问有没有好的办法？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:48 ]
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似水年华
1楼 2009-08-15 11:16:16
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

请教

引用回帖:
Originally posted by anyone1350 at 2009-9-4 16:26:
torsion tree是可以改变柔性残基中旋转键的多少的
而且柔性残基一般不能选的太多，否则结果也不理想

请问，你这里说的柔性残基不能选的太多是什么意思？是在torsion tree限制旋转不能太多，还是保留下来的不能太多啊？
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似水年华
9楼2009-09-14 10:55:08
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fantastic

银虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):感谢交流 8-15 19:42
sijifengsd(金币+3,VIP+0):谢谢，可以 8-18 20:04
如果你是用autodock的话，你可以设置旋转键来控制其柔性啊。torsion tree，你查看下吧
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2楼2009-08-15 16:08:51
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):感谢交流 8-17 09:05
可用SYBYL中build/edit>...>static>bond即可。
赞一下(6人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2009-08-17 06:55:32
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

To yjcmwgk

yjcmwgk(金币+0,VIP+0):试试合作单位吧。SYBYL这个软件是tjegg提出来的 8-19 09:14
谢谢，我们没有这个软件的版权啊
赞一下(6人) 回复此楼
似水年华
4楼2009-08-18 20:13:24
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