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zhangyunli

金虫 (正式写手)


[资源] 【转帖】XCrySDen 软件下载和安装说明

XCrySDen 软件下载和安装说明
原帖地址http://forum.hongcam.net/viewthr ... &extra=page%3D1

刚刚安装了XCrySDen 软件,本来一开始是想看vasp的结果的,但是不知道怎么看,yangjinrong_lon兄要是用过,不妨过来说说

这个软件的下载网址是http://www.xcrysden.org/Download.html#pre1.6里面有各种版本的,我安装的是xc-1.5.17-xc-1.5.17-linux_x86-semishared.tar.gz.tar.gz版本,我已经安装过,显示没有问题,安装过程比较简单,因为是tar文件所以不用安装,只需要设置一些环境变量即可。



下面是安装过程:

1.首先解压缩tar文件 tar zxvf xc-1.5.17-xc-1.5.17-linux_x86-semishared.tar.gz.tar.gz

2. 进入XCrySDen-1.5.17-bin-semishared文件夹,执行./xcConfigure.sh 然后会问你一些问题,你只要简单的选择Y和N就行了。

3. 设置环境变量 vi .bashrc
XCRYSDEN_TOPDIR=/public/all/XCrySDen-1.5.17-bin-shared
XCRYSDEN_SCRATCH=/tmp/XCRYSDEN_SCRATCH
export XCRYSDEN_TOPDIR XCRYSDEN_SCRATCH
PATH="$XCRYSDEN_TOPDIR:$PATH:$XCRYSDEN_TOPDIR/scripts:$XCRYSDEN_TOPDIR/util"

4.保存bashrc 文件
  source .bashrc

5.运行,只需输入xcrysden即可 ,linux系统需要x显示软件,比如xwin,exceed,Xmanager等等

6.在配置过程中,会告诉你要实现一些功能需要哪些额外的软件,下面是地址,有兴趣的可以去下载
XCRYSDEN uses a few external utility programs. These are the following:
   1.) the "Open Babel" program is needed to display molecular structure from
       Gaussian Z-matrix file.
   2.) the ImageMagick's suit of programs is used to print-to-file (PNG/JPG/GIF/...),
       to create animated-GIFs, and to screen dump windows.
   3.) the "Mplayer's mencoder" program is used to create AVI/MPEG movies
       from the animation snapshots.
   4.) xcrysden may also use other programs such as gifsicle, xwd, ppmtompeg, ...
   Open BABEL:  http://openbabel.org/
   IMAGEMAGICK: http://www.imagemagick.org/
   MENCODER:    http://www.mplayerhq.hu/


7.功能简单介绍,下面是转载量子化学网的描述  
http://www.materialssimulation.com/node/447
简介  
  显示晶体和分子的结构和电子密度程序。它还可以处理倒格子空间的特性,如绘制能带结构图,显示Fermi面,等。
功能  
晶体和分子的特性分析(如,原子上的力)
显示分子模型(线图,棒图,球棍模型,曲面模型......;转动,平移,放大......)
测量模型的键长,键角和二面角
显示晶体的Wigner-Seitz晶胞和布里渊区
读取标准格式的分子结构文件:XYZ,PDB,XSF
制作动画
提供晶体从头计算程序CRYSTAL的图形用户界面
晶体从头计算程序WIEN的晶体结构可视化,产生二维/三维电子密度,生成用于键结构图的k-网格
显示从头计算程序GAUSSIAN,CRYSTAL,PWSCF,WIEN,FHI98MD计算的结构

XCrySDen 1.6的新功能:
1. 兼容Quantum-Espresso 4.x,WIEN2k_08,和CRYSTAL06。
2. 支持几种电影编码器。
3. 改善了测量过程,选择原子更容易。
4. 实时获取显示图像,存为电影。
5. 鼠标滚轮支持缩放显示。
6. 简化了安装过程。

x86 版下载地址: http://d.namipan.com/d/xc-1.5.17 ... 7788a9ad2272254ce00
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xcrysden打开PWscf的文件是有些小问题的
详情可以看http://blog.sina.com.cn/s/blog_5f15ead20100cwcl.html
4楼2009-08-06 16:43:31
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匿名

用户注销 (初入文坛)


本帖仅楼主可见
16楼2017-04-06 21:06:38
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condensed

木虫 (著名写手)


背景太花了,眼花啊,看样是我老了
3楼2009-08-06 15:45:07
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zdd2008

金虫 (职业作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错不错!!!呵呵!顶一个!!!
5楼2009-10-15 20:16:35
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

这个要顶,背景有点  
6楼2009-10-15 20:26:19
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mengfc

金虫 (正式写手)


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这个semishared和shared有什么区别?
7楼2009-10-17 22:59:02
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★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢分享好资源
8楼2009-10-18 19:44:16
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改王之王

金虫 (正式写手)


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好东西,xcrysden的安装学习下
9楼2010-12-21 21:58:25
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gongjijun

木虫 (正式写手)


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那位朋友知道怎么在图像下将一种原子替换成另外一种原子?
10楼2010-12-21 23:31:13
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kgdu

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

非常感谢!!
11楼2010-12-25 15:01:14
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哥是传说

铁杆木虫 (正式写手)


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引用回帖:
1楼: Originally posted by zhangyunli at 2009-08-06 14:55:00:
XCrySDen 软件下载和安装说明
原帖地址http://forum.hongcam.net/viewthr ... ;amp;extra=page%3D1

刚刚安装了XCrySDen 软件,本来一开始是想看vasp的结果的,但是 ...

楼主,我想在crgwin下安装window版本的xcrysden,但老出错,显示command not found,据说要改些路径,但不知道怎么操作啊,可不可以帮帮我
12楼2011-09-20 19:53:31
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dingniu2

木虫 (正式写手)


引用回帖:
7楼: Originally posted by mengfc at 2009-10-17 22:59:02:
这个semishared和shared有什么区别?

同问semishared和shared有什么区别?
13楼2012-01-12 20:33:36
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yoghurt117

木虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

搞得花花死了,你

公主唉

不得不顶啊
14楼2012-02-26 17:53:30
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lyxc43

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错
15楼2013-06-06 21:18:20
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雨后是伤

铁杆木虫 (著名写手)


楼主,网址打不开了,失效了。您方便发我一份吗?569229932@qq.com
17楼2018-09-27 15:08:41
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简单回复
wuli82楼
2009-08-06 14:55   回复  
 
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