|
【答案】应助回帖
★ ★ ★ franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-05-30 14:05:32
http://blog.sina.com.cn/s/blog_5f15ead20100c73y.html
内容复制如下
安装说明(安装环境:rehhat9.0,VMware,2CPU)
一:g95-x86-linux.tar
下载g95-x86-linux.tgz后,解压它,得到g95-install目录。
建议将它拷贝至/usr/local/目录下。
将g95-install目录拷贝至/usr/local/目录下后,运行下面的命令:
ln -s /usr/local/g95-install/bin/*g95* /bin/g95
在/bin/目录下建立一个链接(类似于windows中的桌面快捷方式).
下面就可以用g95了。 (关于g95的内容来自网络)
二:lapack-3.1.1.gz
安装方法:
1.进入lapack目录,然后进入INSTALL目录,将make.inc.gfortran更名为make.inc文件,然后复制到lapack目录下。
2.键入make即可完成。(或将make.inc中的gfortran编译器改为g95亦可)
lapack编译结束后,会产生*.a格式的文件,lapack_???.a。需要将他更名为liblapack.a,然后复制到/usr/bin目录下。
注意:
1.最后会有一个关于test的报错,但这个并影响程序的使用。用g95和g77均会报错。
2.如果不把.a文件复制到/usr/bin,貌似也能运行pwscf
3.lapach自带的test没有通过
三:blas
安装方法:
1.进入blas目录。
2.键入make即可完成。
blas编译结束后,会产生*.a格式的文件,blas_???.a。需要将他更名为libblas.a,然后复制到/usr/bin目录下。
注意:
1.用g95编译会报错,用g77则正常结束。
2.如果不把.a文件复制到/usr/bin,貌似也能运行pwscf
四:mpich2-1.0.8.tar.gz
安装方法:
1../configure
2.make 2>&1 (2>&1我还不清楚什么意思)
3.make install 2>&1 (这个必须拥有boot权限才能执行)
注意:
1.mpich2说明中建议--disable-f90(禁止用f90去编译),但是PWscf只能使用mpif90编译并行版,因此不能使用--disable-f90
2.mpich自带的test没有通过
五:fftw-2.1.5.tar.gz
pwscf说高版本的fftw会导致错误。
安装方法:
1.键入 ./configure --enable-type-prefix --with-gcc --enable-i386-hacks --enable-mpi
安装--enable-mpi前,必须把mpich装上
其中,--enable-type-prefix参数是为了同时使用single precision(单精度)和double precision(双精度),如果不使用它,最后只有以rfftw开头的文件被安装(real fftw);;--enable-i386-hacks为Pentium和x86以后的CPU优化gcc的编译速度。
2.make
3.make install (这个必须拥有boot权限才能执行)
安装完后,目录中便会同时存在sfftw和dfftw开头的文件(用于复数函数/complex function的FFT变换)和srfftw与drfftw开头的文件(用于实数函数的FFT变换)
六:ActiveTcl
ActiveTcl现在已经有高版本,但是8.6.0安装后pwgui无法运行,8.5.6我没有试。因为pwgui中的说明文件是2005年写的,所以我直接试了最低的8.4.19版。结果pwgui可以正常运行。
ActiveTcl8.4.19安装完成后,图形界面有提示,一定要将安装目录加入到系统环境变量PATH中。否则,pwgui无法运行。
七:xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz
这个软件就是xcrysden
安装方法:
1.键入 ./xcConfigure即可
注意:
1:xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz在键入xcConfigure后会在bash中给出关于环境变量的信息,一定要仔细看。因为它自动将xcrysden的环境变量写入了$HOME/.bashrc文件。所以每次启动bash时,xcrysden自定义的环境变量都会起作用。所以运行xcConfigure后,可以键入$PATH,来检查环境变量是否设置成功。如果要修改xcrysden自定义的环境变量,必须手动键入gedit $HOME/.bashrc进行修改。
2.安装babel时,会报错,不用管它
3.每次运行结束后,记得键入xc_cleanscratch用以清除临时文件
八:设置PATH
完成第七步后,键入gedit .bashrc,添加如下内容。
echo "Heather is better than Weather!"
export PS1="[\t]\u@\w>"
#-----------------------------------------------------------------------
# this is for ActiveTcl-8.4 install on /opt/ActiveTcl-8.04/bin
# 三 3月 11 13:44:28 CST 2009
#------------------------------------------------------------------------
export PATH="/opt/ActiveTcl-8.4/bin:$PATH"
#------------------------------------------------------------------------
# this is for XCRYSDEN 1.4.1; added by XCRYSDEN installation on
# 三 3月 11 13:44:28 CST 2009
#------------------------------------------------------------------------
XCRYSDEN_TOPDIR=/home/raman/XCrySDen-1.4.1bin-static
XCRYSDEN_SCRATCH=/home/raman/xcrys_tmp
export XCRYSDEN_TOPDIR XCRYSDEN_SCRATCH
PATH="$XCRYSDEN_TOPDIR:$PATH:$XCRYSDEN_TOPDIR/scripts:$XCRYSDEN_TOPDIR/util" export PATH="./:$PATH"(将当前目录作为所搜路径)
九:PWscf
1.使用boot身份
2.进入安装目录,键入./configure
3.键入make
4.键入make all
5.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录,将environment_variables的最后两行改为
#PARA_PREFIX="mpirun -np 2"
PARA_PREFIX=
PARA_POSTFIX=
此时,可以进入example??的文件中,键入./run_example进行计算。
6.进入PWgui4.0.1中,可以运行pwgui开启GUI界面
十:并行配置
1.在/etc下键入 touch mpd.conf (即建立mpd.conf文件)
2.键入 gedit mpd.conf
3.在mpd.conf中加入写入MPD_SECRETWORD=sdfsd(=后面为任意设置的密码)
4.键入mpdboot (这个貌似是启动mpd进程)
5.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录,将environment_variables的最后两行改为
PARA_PREFIX="mpiexec -n 2"
PARA_POSTFIX="-npool 1"
即使用2个CPU,使用一个节点。
6.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录,键入./run_all_examples
7.在目前配置下,双核并行比串行慢30%
第二段貌似是一个全新安装的
优先装g95和mpich2-1.0.8.tar.gz
安装说明(Fefora 10)
一:lapack-3.1.1.gz
安装方法:
1.进入lapack目录,然后进入INSTALL目录,将make.inc.gfortran更名为make.inc文件,然后复制到lapack目录下。
2.键入make即可完成。(或将make.inc中的gfortran编译器改为g95亦可)
(我现在觉得编译这个跟PWscf的安装没有关系。因为PWscf的程序包里自带了lapack,而且我并没有把生成的.a文件放入/usr/bin中)
二:mpich2-1.0.8.tar.gz
安装方法:
1../configure (注意,我没有用sudo进行configure。最开始总是无法通过,试了几次后,莫名其妙的通过了。但我觉得我没有做任何的改动。)
2.make 2>&1 (2>&1是按照readme文件中的说明加入的)(I do not use sudo)
3.make install 2>&1 (这个必须sudo才能执行)
三:fftw-2.1.5.tar.gz
pwscf说高版本的fftw会导致错误。
安装方法:
1.键入 ./configure --enable-type-prefix --with-gcc --enable-i386-hacks --enable-mpi
安装--enable-mpi前,必须把mpich装上(不记得是否用sudo了)
其中,--enable-type-prefix参数是为了同时使用single precision(单精度)和double precision(双精度),如果不使用它,最后只有以rfftw开头的文件被安装(real fftw);;--enable-i386-hacks为Pentium和x86以后的CPU优化gcc的编译速度。
2.make (不记得是否用sudo了)
3.make install (这个必须拥有boot权限才能执行)
安装完后,目录中便会同时存在sfftw和dfftw开头的文件(用于复数函数/complex function的FFT变换)和srfftw与drfftw开头的文件(用于实数函数的FFT变换)
补记: [若configure或者makesudo,则找不到mpi。但make install必须用sudo,因此它找不到mpi。所以我最后把/usr/local/bin下的mpi*文件复制到/usr/bin/下,然后sudo make install成功(2010-2-11)]
三:ActiveTcl
切记:must be 64bit version
sudo ./install.sh,然后自动弹出图形界面。非常友好;)
ActiveTcl8.4.19安装完成后,图形界面有提示,一定要将安装目录加入到系统环境变量PATH中。否则,pwgui无法运行。
四:xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz
安装方法:
1.键入 ./xcConfigure即可 (不记得是否用sudo了)
注意:
1:xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz在键入xcConfigure后会在bash中给出关于环境变量的信息,一定要仔细看。因为它自动将xcrysden的环境变量写入了$HOME/.bashrc文件。所以每次启动bash时,xcrysden自定义的环境变量都会起作用。所以运行xcConfigure后,可以键入$PATH,来检查环境变量是否设置成功。如果要修改xcrysden自定义的环境变量,必须手动键入gedit $HOME/.bashrc进行修改。
2.安装babel时,会报错,不用管它
3.每次运行结束后,记得键入xc_cleanscratch用以清除临时文件
五:设置PATH
完成第七步后,键入gedit .bashrc,添加如下内容。
echo "Heather is better than Weather!"
export PS1="[\t]\u@\w>"
#-----------------------------------------------------------------------
# this is for ActiveTcl-8.4 install on /opt/ActiveTcl-8.04/bin
# 三 3月 11 13:44:28 CST 2009
#------------------------------------------------------------------------
export PATH="/opt/ActiveTcl-8.4/bin:$PATH"
#------------------------------------------------------------------------
# this is for XCRYSDEN 1.4.1; added by XCRYSDEN installation on
# 三 3月 11 13:44:28 CST 2009
#------------------------------------------------------------------------
XCRYSDEN_TOPDIR=/home/raman/XCrySDen-1.4.1bin-static
XCRYSDEN_SCRATCH=/home/raman/xcrys_tmp
export XCRYSDEN_TOPDIR XCRYSDEN_SCRATCH
PATH="$XCRYSDEN_TOPDIR:$PATH:$XCRYSDEN_TOPDIR/scripts:$XCRYSDEN_TOPDIR/util"
六:PWscf
进入安装目录,键入./configure (I do not use sudo, and get it completed for the first time. If I use sudo, configure can not find mpif90)(后来搜了一下,可能是由于使用sudo后,搜索路径被改变所致)
2.键入make all (I do not use sudo, and get it completed for the first time.)
七:并行配置
1. cd $HOME
touch .mpd.conf
chmod 600 .mpd.conf
and then use an editor to insert a line like
MPD_SECRETWORD=mr45-j9z
into the file. (Of course use some other secret word than mr45-j9z.)
2.在mpd.conf中加入写入MPD_SECRETWORD=sdfsd(=后面为任意设置的密码)
3.键入mpdboot (这个是启动mpd进程)
4.可以使用mpdtrace -l来查询进程是否启动。
5.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录,将environment_variables的最后两行改为
PARA_PREFIX="mpiexec -n 4"
PARA_POSTFIX="-npool 1"
即使用4个CPU,使用一个节点。
6.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录,键入./run_all_examples
第一次装机后,普通用户无法使用sudo命令解决办法。
1)进入超级用户模式。也就是输入"su -",系统会让你输入超级用户密码,输入密码后就进入了超级用户模式。(当然,你也可以直接用root用)
2)添加文件的写权限。也就是输入命令"chmod u+w /etc/sudoers"。
3)编辑/etc/sudoers文件。也就是输入命令"vim /etc/sudoers",输入"i"进入编辑模式,找到这一行:"root ALL=(ALL) ALL"在起下面添加"xxx ALL=(ALL) ALL"(这里的xxx是你的用户名),然后保存(就是先按一 下Esc键,然后输入":wq")退出。
4)撤销文件的写权限。也就是输入命令"chmod u-w /etc/sudoers"。 |
|