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xirainbow木虫 (正式写手)
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【原创】手把手讲解ESPRESSO并行编译安装
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以下内容来自我的博客：http://blog.sina.com.cn/s/blog_5f15ead20100c73y.html 我是个Linux的初学者，很多东西还不懂，希望大家多多指正，共同提高；） 谢谢；P 安装说明 零：Fedora10系统（完全安装版），Q66004核CPU 一：lapack-3.1.1.gz 安装方法： 1.进入lapack目录，先修改make.inc.example更名为make.inc文件，将其中的fortran编译器改为f95。 2.键入make即可完成。 （我现在觉得编译这个跟PWscf的安装没有关系。因为PWscf的程序包里自带了lapack，而且我并没有把生成的.a文件放入/usr/bin中 我不会使用其他的数学库，并且来测试哪个的效率更高） 二：mpich2-1.0.8.tar.gz 安装方法： 1../configure (注意，我没有用sudo进行configure。最开始总是无法通过，试了几次后，莫名其妙的通过了。但我觉得我没有做任何的改动。） 2.make 2>&1 (2>&1是按照readme文件中的说明加入的)(I do not use sudo) 3.make install 2>&1 （这个必须sudo才能执行） 三：fftw-2.1.5.tar.gz pwscf说高版本的fftw会导致错误。 安装方法： 1.键入 ./configure --enable-type-prefix --with-gcc --enable-i386-hacks --enable-mpi 安装--enable-mpi前，必须把mpich装上（不记得是否用sudo了） 2.make （不记得是否用sudo了） 3.make install （这个必须拥有boot权限才能执行） 三：ActiveTcl 切记：must be 64bit version sudo ./install.sh，然后自动弹出图形界面。非常友好；） ActiveTcl8.4.19安装完成后，图形界面有提示，一定要将安装目录加入到系统环境变量PATH中。否则，pwgui无法运行。 注：ActiveTcl现在已经有高版本，但是8.6.0安装后pwgui无法运行，8.5.6我没有试。因为pwgui中的说明文件是2005年写的，所以我直接试了最低的8.4.19版。结果pwgui可以正常运行。 四：xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz 安装方法： 1.键入 ./xcConfigure即可 （不记得是否用sudo了） 注意： 1：xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz在键入xcConfigure后会在bash中给出关于环境变量的信息，一定要仔细看。因为它自动将xcrysden的环境变量写入了$HOME/.bashrc文件。所以每次启动bash时，xcrysden自定义的环境变量都会起作用。所以运行xcConfigure后，可以键入$PATH，来检查环境变量是否设置成功。如果要修改xcrysden自定义的环境变量，必须手动键入gedit $HOME/.bashrc进行修改。 2.安装babel时，会报错，不用管它 3.每次运行结束后，记得键入xc_cleanscratch用以清除临时文件 五：设置PATH 完成第七步后，键入gedit .bashrc，添加如下内容。 echo "Heather is better than Weather!" export PS1="[\t]\u@\w>" #----------------------------------------------------------------------- # this is for ActiveTcl-8.4 install on /opt/ActiveTcl-8.04/bin # 三 3月 11 13:44:28 CST 2009 #------------------------------------------------------------------------ export PATH="/opt/ActiveTcl-8.4/bin:$PATH" #------------------------------------------------------------------------ # this is for XCRYSDEN 1.4.1; added by XCRYSDEN installation on # 三 3月 11 13:44:28 CST 2009 #------------------------------------------------------------------------ XCRYSDEN_TOPDIR=/home/raman/XCrySDen-1.4.1bin-static XCRYSDEN_SCRATCH=/home/raman/xcrys_tmp export XCRYSDEN_TOPDIR XCRYSDEN_SCRATCH PATH="$XCRYSDEN_TOPDIR:$PATH:$XCRYSDEN_TOPDIR/scripts:$XCRYSDEN_TOPDIR/util" 六：ESPRESSO 进入安装目录，键入./configure (I do not use sudo, and get it completed for the first time. If I use sudo, configure can not find mpif90)（后来搜了一下，可能是由于使用sudo后，搜索路径被改变所致） 2.键入make all (I do not use sudo, and get it completed for the first time.) 七：并行配置 1. cd $HOME touch .mpd.conf chmod 600 .mpd.conf and then use an editor to insert a line like MPD_SECRETWORD=mr45-j9z into the file. (Of course use some other secret word than mr45-j9z.) 2.在mpd.conf中加入写入MPD_SECRETWORD=sdfsd（=后面为任意设置的密码） 3.键入mpdboot （这个是启动mpd进程） 4.可以使用mpdtrace -l来查询进程是否启动。 5.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，将environment_variables的最后两行改为 PARA_PREFIX="mpiexec -n 4" PARA_POSTFIX="-npool 1" 即使用4个CPU，使用一个节点。 6.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，键入./run_all_examples 第一次装机后，普通用户无法使用sudo命令解决办法。 1）进入超级用户模式。也就是输入"su -",系统会让你输入超级用户密码，输入密码后就进入了超级用户模式。（当然，你也可以直接用root用） 2）添加文件的写权限。也就是输入命令"chmod u+w /etc/sudoers"。 3）编辑/etc/sudoers文件。也就是输入命令"vim /etc/sudoers",输入"i"进入编辑模式，找到这一行："root ALL=(ALL) ALL"在起下面添加"xxx ALL=(ALL) ALL"(这里的xxx是你的用户名)，然后保存（就是先按一 下Esc键，然后输入":wq"）退出。 4）撤销文件的写权限。也就是输入命令"chmod u-w /etc/sudoers"。 [ Last edited by xirainbow on 2009-7-17 at 10:26 ] |
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