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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » [求助]PWscf安装
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zdwkymy

新虫 (初入文坛)

[求助] [求助]PWscf安装 已有1人参与

求助一份PWscf安装说明及其安装前需要哪些辅助的软件。谢谢各位虫友。急！急！！急！！！
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1楼 2011-05-13 11:09:54
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youzhizhe

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【答案】应助回帖

gzqdyouxia(1ST强帖+1): 回帖质量很好，授予1ST，谢谢交流 2011-05-13 12:47:09
前几天我弄个这个的时候找的几个帖子地址。
引用回帖:

附送个人的安装手记一份。
引用回帖:
1、官方网站http://qe-forge.org/frs/shownotes.php?release_id=76下载对应软件安装包4.3版本（espresso-4.3.tar.gz、espresso-4.3-example.tar.gz），下载4.2版本中的PLUMED、Wannier、WanT和Yambo并修改对应的名字为*-latest.tar.gz；
2、上传安装包espresso-4.3.tar.gz、espresso-4.3-example.tar.gz到/opt/，并解压缩espresso-4.3/；上传PLUMED-latest.tar.gz、Wannier-latest.tar.gz、WanT-latest.tar.gz和Yambo-latest.tar.gz文件到espresso-4.3/archive。
3、发现集群上的配置环境能够满足QE的安装前提，虽然FFTW不是版本3以上的；
4、cd espresso-4.3
   ./configure 成功。
5、make all
前面大都成功，最后提示两个errors。
6、解压缩pwgui-4.3-linux-x86_64.tgz，得到PWgui图形界面程序，./Pwgui即可运行，需配合在VNC环境下使用。
7、运行examples。

[ Last edited by youzhizhe on 2011-5-13 at 12:32 ]
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3楼2011-05-13 12:30:51
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-05-13 12:26:38
请参阅Doc目录下的user_guide，里面说的很详细。
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2楼2011-05-13 12:25:03
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迷路的游侠

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by youzhizhe at 2011-05-13 12:30:51:
前几天我弄个这个的时候找的几个帖子地址。




附送个人的安装手记一份。



[ Last edited by youzhizhe on 2011-5-13 at 12:32 ]

那两个errors没解决运行example好像会出错啊，求解决方法
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4楼2011-05-25 11:08:44
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youzhizhe

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引用回帖:
Originally posted by 迷路的游侠 at 2011-05-25 11:08:44:
那两个errors没解决运行example好像会出错啊，求解决方法

你的也出现两个errors了？
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5楼2011-05-25 11:19:41
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-06-04 15:11:51
引用回帖:
Originally posted by 迷路的游侠 at 2011-05-25 11:08:44:
那两个errors没解决运行example好像会出错啊，求解决方法

那两个error应该是TDDFPT的（如果不是，当我没说～这个应该由提示有error的人详细说明），由于lr_main.f90的第252行过长，很多编译器无法完全识别的缘故，把那一行拆开就可以了。详细的方法可以参考PW的邮件列表～
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6楼2011-05-25 15:46:27
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tangosnow

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

ben_ladeng: 链接有误 2011-05-30 06:37:58
http://hi.baidu.com/%C4%AB%C1%AB ... 69cae47709d706.html

这个帖子是不是没有装PWgui?
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7楼2011-05-30 02:06:32
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ben_ladeng

荣誉版主 (文学泰斗)

文献杰出贡献文献杰出贡献文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-05-30 14:05:32
http://blog.sina.com.cn/s/blog_5f15ead20100c73y.html

内容复制如下

安装说明（安装环境：rehhat9.0,VMware，2CPU）


一：g95-x86-linux.tar
下载g95-x86-linux.tgz后，解压它，得到g95-install目录。
建议将它拷贝至/usr/local/目录下。
将g95-install目录拷贝至/usr/local/目录下后，运行下面的命令：
ln -s /usr/local/g95-install/bin/*g95* /bin/g95
在/bin/目录下建立一个链接(类似于windows中的桌面快捷方式).
下面就可以用g95了。 （关于g95的内容来自网络）




二：lapack-3.1.1.gz
安装方法：
1.进入lapack目录，然后进入INSTALL目录，将make.inc.gfortran更名为make.inc文件，然后复制到lapack目录下。
2.键入make即可完成。(或将make.inc中的gfortran编译器改为g95亦可)
lapack编译结束后，会产生*.a格式的文件，lapack_???.a。需要将他更名为liblapack.a，然后复制到/usr/bin目录下。
注意：
1.最后会有一个关于test的报错，但这个并影响程序的使用。用g95和g77均会报错。
2.如果不把.a文件复制到/usr/bin，貌似也能运行pwscf
3.lapach自带的test没有通过



三：blas
安装方法：
1.进入blas目录。
2.键入make即可完成。
blas编译结束后，会产生*.a格式的文件，blas_???.a。需要将他更名为libblas.a，然后复制到/usr/bin目录下。
注意：
1.用g95编译会报错，用g77则正常结束。
2.如果不把.a文件复制到/usr/bin，貌似也能运行pwscf




四：mpich2-1.0.8.tar.gz
安装方法：
1../configure
2.make 2>&1 (2>&1我还不清楚什么意思)
3.make install 2>&1  （这个必须拥有boot权限才能执行）
注意：
1.mpich2说明中建议--disable-f90(禁止用f90去编译)，但是PWscf只能使用mpif90编译并行版，因此不能使用--disable-f90
2.mpich自带的test没有通过



五：fftw-2.1.5.tar.gz
pwscf说高版本的fftw会导致错误。
安装方法：
1.键入 ./configure --enable-type-prefix --with-gcc --enable-i386-hacks --enable-mpi
安装--enable-mpi前，必须把mpich装上

其中，--enable-type-prefix参数是为了同时使用single precision(单精度)和double precision（双精度），如果不使用它，最后只有以rfftw开头的文件被安装（real fftw）；；--enable-i386-hacks为Pentium和x86以后的CPU优化gcc的编译速度。
2.make
3.make install  （这个必须拥有boot权限才能执行）


安装完后，目录中便会同时存在sfftw和dfftw开头的文件(用于复数函数/complex function的FFT变换)和srfftw与drfftw开头的文件（用于实数函数的FFT变换）



六：ActiveTcl
ActiveTcl现在已经有高版本，但是8.6.0安装后pwgui无法运行，8.5.6我没有试。因为pwgui中的说明文件是2005年写的，所以我直接试了最低的8.4.19版。结果pwgui可以正常运行。
ActiveTcl8.4.19安装完成后，图形界面有提示，一定要将安装目录加入到系统环境变量PATH中。否则，pwgui无法运行。



七：xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz
这个软件就是xcrysden
安装方法：
1.键入 ./xcConfigure即可
注意：
1：xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz在键入xcConfigure后会在bash中给出关于环境变量的信息，一定要仔细看。因为它自动将xcrysden的环境变量写入了$HOME/.bashrc文件。所以每次启动bash时，xcrysden自定义的环境变量都会起作用。所以运行xcConfigure后，可以键入$PATH，来检查环境变量是否设置成功。如果要修改xcrysden自定义的环境变量，必须手动键入gedit $HOME/.bashrc进行修改。
2.安装babel时，会报错，不用管它
3.每次运行结束后，记得键入xc_cleanscratch用以清除临时文件




八：设置PATH
完成第七步后，键入gedit .bashrc，添加如下内容。
echo "Heather is better than Weather!"
export PS1="[\t]\u@\w>"
#-----------------------------------------------------------------------
# this is for  ActiveTcl-8.4 install on /opt/ActiveTcl-8.04/bin
# 三  3月 11 13:44:28 CST 2009
#------------------------------------------------------------------------
export PATH="/opt/ActiveTcl-8.4/bin:$PATH"
#------------------------------------------------------------------------
# this is for XCRYSDEN 1.4.1; added by XCRYSDEN installation on
# 三  3月 11 13:44:28 CST 2009
#------------------------------------------------------------------------
XCRYSDEN_TOPDIR=/home/raman/XCrySDen-1.4.1bin-static
XCRYSDEN_SCRATCH=/home/raman/xcrys_tmp
export XCRYSDEN_TOPDIR XCRYSDEN_SCRATCH
PATH="$XCRYSDEN_TOPDIR:$PATH:$XCRYSDEN_TOPDIR/scripts:$XCRYSDEN_TOPDIR/util"             export PATH="./:$PATH"(将当前目录作为所搜路径)






九：PWscf
1.使用boot身份
2.进入安装目录，键入./configure
3.键入make
4.键入make all
5.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，将environment_variables的最后两行改为
#PARA_PREFIX="mpirun -np 2"
PARA_PREFIX=
PARA_POSTFIX=
此时，可以进入example??的文件中，键入./run_example进行计算。
6.进入PWgui4.0.1中，可以运行pwgui开启GUI界面




十：并行配置
1.在/etc下键入 touch mpd.conf （即建立mpd.conf文件）
2.键入 gedit mpd.conf
3.在mpd.conf中加入写入MPD_SECRETWORD=sdfsd（=后面为任意设置的密码）
4.键入mpdboot （这个貌似是启动mpd进程）
5.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，将environment_variables的最后两行改为
PARA_PREFIX="mpiexec -n 2"
PARA_POSTFIX="-npool 1"
即使用2个CPU，使用一个节点。
6.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，键入./run_all_examples
7.在目前配置下，双核并行比串行慢30%

第二段貌似是一个全新安装的

优先装g95和mpich2-1.0.8.tar.gz

安装说明（Fefora 10）

一：lapack-3.1.1.gz
安装方法：
1.进入lapack目录，然后进入INSTALL目录，将make.inc.gfortran更名为make.inc文件，然后复制到lapack目录下。
2.键入make即可完成。(或将make.inc中的gfortran编译器改为g95亦可)
（我现在觉得编译这个跟PWscf的安装没有关系。因为PWscf的程序包里自带了lapack，而且我并没有把生成的.a文件放入/usr/bin中）



二：mpich2-1.0.8.tar.gz
安装方法：
1../configure  (注意，我没有用sudo进行configure。最开始总是无法通过，试了几次后，莫名其妙的通过了。但我觉得我没有做任何的改动。）
2.make 2>&1 (2>&1是按照readme文件中的说明加入的)(I do not use sudo)
3.make install 2>&1  （这个必须sudo才能执行）



三：fftw-2.1.5.tar.gz

pwscf说高版本的fftw会导致错误。
安装方法：
1.键入 ./configure --enable-type-prefix --with-gcc --enable-i386-hacks --enable-mpi
安装--enable-mpi前，必须把mpich装上（不记得是否用sudo了）

其中，--enable-type-prefix参数是为了同时使用single precision(单精度)和double precision（双精度），如果不使用它，最后只有以rfftw开头的文件被安装（real fftw）；；--enable-i386-hacks为Pentium和x86以后的CPU优化gcc的编译速度。
2.make （不记得是否用sudo了）

3.make install  （这个必须拥有boot权限才能执行）

安装完后，目录中便会同时存在sfftw和dfftw开头的文件(用于复数函数/complex function的FFT变换)和srfftw与drfftw开头的文件（用于实数函数的FFT变换）

补记： [若configure或者makesudo，则找不到mpi。但make install必须用sudo，因此它找不到mpi。所以我最后把/usr/local/bin下的mpi*文件复制到/usr/bin/下，然后sudo make install成功(2010-2-11)]




三：ActiveTcl
切记：must be 64bit version
sudo ./install.sh，然后自动弹出图形界面。非常友好；）

ActiveTcl8.4.19安装完成后，图形界面有提示，一定要将安装目录加入到系统环境变量PATH中。否则，pwgui无法运行。



四：xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz
安装方法：
1.键入 ./xcConfigure即可 （不记得是否用sudo了）
注意：
1：xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz在键入xcConfigure后会在bash中给出关于环境变量的信息，一定要仔细看。因为它自动将xcrysden的环境变量写入了$HOME/.bashrc文件。所以每次启动bash时，xcrysden自定义的环境变量都会起作用。所以运行xcConfigure后，可以键入$PATH，来检查环境变量是否设置成功。如果要修改xcrysden自定义的环境变量，必须手动键入gedit $HOME/.bashrc进行修改。
2.安装babel时，会报错，不用管它
3.每次运行结束后，记得键入xc_cleanscratch用以清除临时文件



五：设置PATH
完成第七步后，键入gedit .bashrc，添加如下内容。
echo "Heather is better than Weather!"
export PS1="[\t]\u@\w>"
#-----------------------------------------------------------------------
# this is for  ActiveTcl-8.4 install on /opt/ActiveTcl-8.04/bin
# 三  3月 11 13:44:28 CST 2009
#------------------------------------------------------------------------
export PATH="/opt/ActiveTcl-8.4/bin:$PATH"

#------------------------------------------------------------------------
# this is for XCRYSDEN 1.4.1; added by XCRYSDEN installation on
# 三  3月 11 13:44:28 CST 2009
#------------------------------------------------------------------------
XCRYSDEN_TOPDIR=/home/raman/XCrySDen-1.4.1bin-static
XCRYSDEN_SCRATCH=/home/raman/xcrys_tmp
export XCRYSDEN_TOPDIR XCRYSDEN_SCRATCH
PATH="$XCRYSDEN_TOPDIR:$PATH:$XCRYSDEN_TOPDIR/scripts:$XCRYSDEN_TOPDIR/util"



六：PWscf
进入安装目录，键入./configure (I do not use sudo, and get it completed for the first time. If I use sudo, configure can not find mpif90)（后来搜了一下，可能是由于使用sudo后，搜索路径被改变所致）
2.键入make all (I do not use sudo, and get it completed for the first time.)





七：并行配置
1. cd $HOME
  touch .mpd.conf
  chmod 600 .mpd.conf
and then use an editor to insert a line like
  MPD_SECRETWORD=mr45-j9z
into the file.  (Of course use some other secret word than mr45-j9z.)
2.在mpd.conf中加入写入MPD_SECRETWORD=sdfsd（=后面为任意设置的密码）
3.键入mpdboot （这个是启动mpd进程）

4.可以使用mpdtrace -l来查询进程是否启动。
5.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，将environment_variables的最后两行改为
PARA_PREFIX="mpiexec -n 4"
PARA_POSTFIX="-npool 1"
即使用4个CPU，使用一个节点。
6.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，键入./run_all_examples



第一次装机后，普通用户无法使用sudo命令解决办法。
1）进入超级用户模式。也就是输入"su -",系统会让你输入超级用户密码，输入密码后就进入了超级用户模式。（当然，你也可以直接用root用）
2）添加文件的写权限。也就是输入命令"chmod u+w /etc/sudoers"。
3）编辑/etc/sudoers文件。也就是输入命令"vim /etc/sudoers",输入"i"进入编辑模式，找到这一行："root ALL=(ALL) ALL"在起下面添加"xxx ALL=(ALL) ALL"(这里的xxx是你的用户名)，然后保存（就是先按一 下Esc键，然后输入":wq"）退出。
4）撤销文件的写权限。也就是输入命令"chmod u-w /etc/sudoers"。
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不言，不诺，不怒。O(∩_∩)O。。。。。。。。。
8楼2011-05-30 06:42:20
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tangosnow

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franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-05-30 21:03:51
引用回帖:
Originally posted by tangosnow at 2011-05-30 02:06:32:
http://hi.baidu.com/%C4%AB%C1%AB ... 69cae47709d706.html

这个帖子是不是没有装PWgui?

http://hi.baidu.com/%C4%AB%C1%AB ... 69cae47709d706.html

链接是这个，不好意思，新手，没发过回帖
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9楼2011-05-30 17:21:46
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Sparkliang

新虫 (小有名气)
★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-06-04 14:21:12
linux里编译软件确实是没比较麻烦的事，各种各样的依赖关系互相缠绕，有时一个小错误搞半天。没有windows里来得方便畅快。
多google、百度吧

good luck！
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10楼2011-06-03 21:54:56
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