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ben_ladeng
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【答案】应助回帖
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franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-05-30 14:05:32
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-05-30 14:05:32
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http://blog.sina.com.cn/s/blog_5f15ead20100c73y.html 内容复制如下 安装说明（安装环境：rehhat9.0,VMware，2CPU） 一：g95-x86-linux.tar 下载g95-x86-linux.tgz后，解压它，得到g95-install目录。 建议将它拷贝至/usr/local/目录下。 将g95-install目录拷贝至/usr/local/目录下后，运行下面的命令： ln -s /usr/local/g95-install/bin/*g95* /bin/g95 在/bin/目录下建立一个链接(类似于windows中的桌面快捷方式). 下面就可以用g95了。 （关于g95的内容来自网络） 二：lapack-3.1.1.gz 安装方法： 1.进入lapack目录，然后进入INSTALL目录，将make.inc.gfortran更名为make.inc文件，然后复制到lapack目录下。 2.键入make即可完成。(或将make.inc中的gfortran编译器改为g95亦可) lapack编译结束后，会产生*.a格式的文件，lapack_???.a。需要将他更名为liblapack.a，然后复制到/usr/bin目录下。 注意： 1.最后会有一个关于test的报错，但这个并影响程序的使用。用g95和g77均会报错。 2.如果不把.a文件复制到/usr/bin，貌似也能运行pwscf 3.lapach自带的test没有通过 三：blas 安装方法： 1.进入blas目录。 2.键入make即可完成。 blas编译结束后，会产生*.a格式的文件，blas_???.a。需要将他更名为libblas.a，然后复制到/usr/bin目录下。 注意： 1.用g95编译会报错，用g77则正常结束。 2.如果不把.a文件复制到/usr/bin，貌似也能运行pwscf 四：mpich2-1.0.8.tar.gz 安装方法： 1../configure 2.make 2>&1 (2>&1我还不清楚什么意思) 3.make install 2>&1 （这个必须拥有boot权限才能执行） 注意： 1.mpich2说明中建议--disable-f90(禁止用f90去编译)，但是PWscf只能使用mpif90编译并行版，因此不能使用--disable-f90 2.mpich自带的test没有通过 五：fftw-2.1.5.tar.gz pwscf说高版本的fftw会导致错误。 安装方法： 1.键入 ./configure --enable-type-prefix --with-gcc --enable-i386-hacks --enable-mpi 安装--enable-mpi前，必须把mpich装上 其中，--enable-type-prefix参数是为了同时使用single precision(单精度)和double precision（双精度），如果不使用它，最后只有以rfftw开头的文件被安装（real fftw）；；--enable-i386-hacks为Pentium和x86以后的CPU优化gcc的编译速度。 2.make 3.make install （这个必须拥有boot权限才能执行） 安装完后，目录中便会同时存在sfftw和dfftw开头的文件(用于复数函数/complex function的FFT变换)和srfftw与drfftw开头的文件（用于实数函数的FFT变换） 六：ActiveTcl ActiveTcl现在已经有高版本，但是8.6.0安装后pwgui无法运行，8.5.6我没有试。因为pwgui中的说明文件是2005年写的，所以我直接试了最低的8.4.19版。结果pwgui可以正常运行。 ActiveTcl8.4.19安装完成后，图形界面有提示，一定要将安装目录加入到系统环境变量PATH中。否则，pwgui无法运行。 七：xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz 这个软件就是xcrysden 安装方法： 1.键入 ./xcConfigure即可 注意： 1：xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz在键入xcConfigure后会在bash中给出关于环境变量的信息，一定要仔细看。因为它自动将xcrysden的环境变量写入了$HOME/.bashrc文件。所以每次启动bash时，xcrysden自定义的环境变量都会起作用。所以运行xcConfigure后，可以键入$PATH，来检查环境变量是否设置成功。如果要修改xcrysden自定义的环境变量，必须手动键入gedit $HOME/.bashrc进行修改。 2.安装babel时，会报错，不用管它 3.每次运行结束后，记得键入xc_cleanscratch用以清除临时文件 八：设置PATH 完成第七步后，键入gedit .bashrc，添加如下内容。 echo "Heather is better than Weather!" export PS1="[\t]\u@\w>" #----------------------------------------------------------------------- # this is for ActiveTcl-8.4 install on /opt/ActiveTcl-8.04/bin # 三 3月 11 13:44:28 CST 2009 #------------------------------------------------------------------------ export PATH="/opt/ActiveTcl-8.4/bin:$PATH" #------------------------------------------------------------------------ # this is for XCRYSDEN 1.4.1; added by XCRYSDEN installation on # 三 3月 11 13:44:28 CST 2009 #------------------------------------------------------------------------ XCRYSDEN_TOPDIR=/home/raman/XCrySDen-1.4.1bin-static XCRYSDEN_SCRATCH=/home/raman/xcrys_tmp export XCRYSDEN_TOPDIR XCRYSDEN_SCRATCH PATH="$XCRYSDEN_TOPDIR:$PATH:$XCRYSDEN_TOPDIR/scripts:$XCRYSDEN_TOPDIR/util" export PATH="./:$PATH"(将当前目录作为所搜路径) 九：PWscf 1.使用boot身份 2.进入安装目录，键入./configure 3.键入make 4.键入make all 5.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，将environment_variables的最后两行改为 #PARA_PREFIX="mpirun -np 2" PARA_PREFIX= PARA_POSTFIX= 此时，可以进入example??的文件中，键入./run_example进行计算。 6.进入PWgui4.0.1中，可以运行pwgui开启GUI界面 十：并行配置 1.在/etc下键入 touch mpd.conf （即建立mpd.conf文件） 2.键入 gedit mpd.conf 3.在mpd.conf中加入写入MPD_SECRETWORD=sdfsd（=后面为任意设置的密码） 4.键入mpdboot （这个貌似是启动mpd进程） 5.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，将environment_variables的最后两行改为 PARA_PREFIX="mpiexec -n 2" PARA_POSTFIX="-npool 1" 即使用2个CPU，使用一个节点。 6.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，键入./run_all_examples 7.在目前配置下，双核并行比串行慢30% 第二段貌似是一个全新安装的 优先装g95和mpich2-1.0.8.tar.gz 安装说明（Fefora 10） 一：lapack-3.1.1.gz 安装方法： 1.进入lapack目录，然后进入INSTALL目录，将make.inc.gfortran更名为make.inc文件，然后复制到lapack目录下。 2.键入make即可完成。(或将make.inc中的gfortran编译器改为g95亦可) （我现在觉得编译这个跟PWscf的安装没有关系。因为PWscf的程序包里自带了lapack，而且我并没有把生成的.a文件放入/usr/bin中） 二：mpich2-1.0.8.tar.gz 安装方法： 1../configure (注意，我没有用sudo进行configure。最开始总是无法通过，试了几次后，莫名其妙的通过了。但我觉得我没有做任何的改动。） 2.make 2>&1 (2>&1是按照readme文件中的说明加入的)(I do not use sudo) 3.make install 2>&1 （这个必须sudo才能执行） 三：fftw-2.1.5.tar.gz pwscf说高版本的fftw会导致错误。 安装方法： 1.键入 ./configure --enable-type-prefix --with-gcc --enable-i386-hacks --enable-mpi 安装--enable-mpi前，必须把mpich装上（不记得是否用sudo了） 其中，--enable-type-prefix参数是为了同时使用single precision(单精度)和double precision（双精度），如果不使用它，最后只有以rfftw开头的文件被安装（real fftw）；；--enable-i386-hacks为Pentium和x86以后的CPU优化gcc的编译速度。 2.make （不记得是否用sudo了） 3.make install （这个必须拥有boot权限才能执行） 安装完后，目录中便会同时存在sfftw和dfftw开头的文件(用于复数函数/complex function的FFT变换)和srfftw与drfftw开头的文件（用于实数函数的FFT变换） 补记： [若configure或者makesudo，则找不到mpi。但make install必须用sudo，因此它找不到mpi。所以我最后把/usr/local/bin下的mpi*文件复制到/usr/bin/下，然后sudo make install成功(2010-2-11)] 三：ActiveTcl 切记：must be 64bit version sudo ./install.sh，然后自动弹出图形界面。非常友好；） ActiveTcl8.4.19安装完成后，图形界面有提示，一定要将安装目录加入到系统环境变量PATH中。否则，pwgui无法运行。 四：xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz 安装方法： 1.键入 ./xcConfigure即可 （不记得是否用sudo了） 注意： 1：xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz在键入xcConfigure后会在bash中给出关于环境变量的信息，一定要仔细看。因为它自动将xcrysden的环境变量写入了$HOME/.bashrc文件。所以每次启动bash时，xcrysden自定义的环境变量都会起作用。所以运行xcConfigure后，可以键入$PATH，来检查环境变量是否设置成功。如果要修改xcrysden自定义的环境变量，必须手动键入gedit $HOME/.bashrc进行修改。 2.安装babel时，会报错，不用管它 3.每次运行结束后，记得键入xc_cleanscratch用以清除临时文件 五：设置PATH 完成第七步后，键入gedit .bashrc，添加如下内容。 echo "Heather is better than Weather!" export PS1="[\t]\u@\w>" #----------------------------------------------------------------------- # this is for ActiveTcl-8.4 install on /opt/ActiveTcl-8.04/bin # 三 3月 11 13:44:28 CST 2009 #------------------------------------------------------------------------ export PATH="/opt/ActiveTcl-8.4/bin:$PATH" #------------------------------------------------------------------------ # this is for XCRYSDEN 1.4.1; added by XCRYSDEN installation on # 三 3月 11 13:44:28 CST 2009 #------------------------------------------------------------------------ XCRYSDEN_TOPDIR=/home/raman/XCrySDen-1.4.1bin-static XCRYSDEN_SCRATCH=/home/raman/xcrys_tmp export XCRYSDEN_TOPDIR XCRYSDEN_SCRATCH PATH="$XCRYSDEN_TOPDIR:$PATH:$XCRYSDEN_TOPDIR/scripts:$XCRYSDEN_TOPDIR/util" 六：PWscf 进入安装目录，键入./configure (I do not use sudo, and get it completed for the first time. If I use sudo, configure can not find mpif90)（后来搜了一下，可能是由于使用sudo后，搜索路径被改变所致） 2.键入make all (I do not use sudo, and get it completed for the first time.) 七：并行配置 1. cd $HOME touch .mpd.conf chmod 600 .mpd.conf and then use an editor to insert a line like MPD_SECRETWORD=mr45-j9z into the file. (Of course use some other secret word than mr45-j9z.) 2.在mpd.conf中加入写入MPD_SECRETWORD=sdfsd（=后面为任意设置的密码） 3.键入mpdboot （这个是启动mpd进程） 4.可以使用mpdtrace -l来查询进程是否启动。 5.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，将environment_variables的最后两行改为 PARA_PREFIX="mpiexec -n 4" PARA_POSTFIX="-npool 1" 即使用4个CPU，使用一个节点。 6.进入$HOME/espresso-4.0.4/examples目录，键入./run_all_examples 第一次装机后，普通用户无法使用sudo命令解决办法。 1）进入超级用户模式。也就是输入"su -",系统会让你输入超级用户密码，输入密码后就进入了超级用户模式。（当然，你也可以直接用root用） 2）添加文件的写权限。也就是输入命令"chmod u+w /etc/sudoers"。 3）编辑/etc/sudoers文件。也就是输入命令"vim /etc/sudoers",输入"i"进入编辑模式，找到这一行："root ALL=(ALL) ALL"在起下面添加"xxx ALL=(ALL) ALL"(这里的xxx是你的用户名)，然后保存（就是先按一 下Esc键，然后输入":wq"）退出。 4）撤销文件的写权限。也就是输入命令"chmod u-w /etc/sudoers"。 |
8楼2011-05-30 06:42:20
souledge
专家顾问 (著名写手)
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专家经验: +174 - 1ST强帖: 19
- 应助: 303 (大学生)
- 金币: 11306.4
- 散金: 1123
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- 在线: 916.1小时
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- 专业: 结构陶瓷
- 管辖: 第一性原理
2楼2011-05-13 12:25:03
3楼2011-05-13 12:30:51
迷路的游侠
木虫 (正式写手)
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- 金币: 3602.9
- 散金: 351
- 帖子: 387
- 在线: 272小时
- 虫号: 747246
- 注册: 2009-04-13
- 性别: GG
- 专业: 半导体材料
4楼2011-05-25 11:08:44