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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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tangjikede

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】VMD 显示的问题

用vmd查看的坐标文件,如果是同一个个结构的连续变型,譬如说,碳纳米管的拉伸,要看到拉伸的整个过程,我已将xyz坐标文件的开头写上这根碳纳米管的原子个数,然后空一行,然后第一列是大写的C,第一步就是没拉伸的碳纳米管结构,第二步的结构就很乱,有些键应该断掉,但是还连着。是否在VMD中有断键的设置?
就是说两个原子超过多大距离以后就没有键了,不知道怎样能解决。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:35 ]
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childsliu

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-27 09:53
Graphics->Graphical Representattions-> Drawing Method -> DynamicsBonds
Distance Cutoff
下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
2楼2009-07-26 12:29:25
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tangjikede

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-7-26 12:29:
Graphics->Graphical Representattions-> Drawing Method -> DynamicsBonds
Distance Cutoff

谢谢您,您是从哪里知道的?我找了好半天没找到。
3楼2009-07-28 09:23:11
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0xiaobao

金虫 (小有名气)


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太感谢二楼了,我也再想这个问题,终于知道怎么办了
4楼2009-07-28 16:08:36
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0xiaobao

金虫 (小有名气)

我想请问一下那个distance ?cutoff一般都设置为什么值比较好呢? 谢谢
5楼2009-07-28 16:10:36
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0xiaobao

金虫 (小有名气)


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请问2楼,如果我在Drawing Method选择CPK方法的话就没有设置distance cutoff这一项,还能有其它的方法吗? 因为我觉得在观看动画的时候用CPK能更好的看到分子分解的过程。谢谢
6楼2009-07-28 16:20:06
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childsliu

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二当家的

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yuhuobuku(金币+3,VIP+0):欢迎参加讨论 7-30 21:10
引用回帖:
Originally posted by 0xiaobao at 2009-7-28 16:20:
请问2楼,如果我在Drawing Method选择CPK方法的话就没有设置distance cutoff这一项,还能有其它的方法吗? 因为我觉得在观看动画的时候用CPK能更好的看到分子分解的过程。谢谢

我建议你在CPK中把Bond Radius 设置为0
然后Creat rep 选Dynamics Bonds 把 Bond Radius 设置为0.1
这样效果和CPK差不多
下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
7楼2009-07-29 08:39:53
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0xiaobao

金虫 (小有名气)


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引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-7-29 08:39:

我建议你在CPK中把Bond Radius 设置为0
然后Creat rep 选Dynamics Bonds 把 Bond Radius 设置为0.1
这样效果和CPK差不多

太谢谢你了。
8楼2009-07-30 23:07:24
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

来学习的
看到有高手,很高兴,来对了地方啊
谢谢
9楼2009-09-08 17:57:20
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luyongan

木虫 (小有名气)

VMD


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如何VMD的结果文件?好像保存之后,就不能再打开了!
10楼2009-09-28 11:04:24
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