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tangjikede

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[交流] 【求助】VMD 显示的问题

用vmd查看的坐标文件，如果是同一个个结构的连续变型，譬如说，碳纳米管的拉伸，要看到拉伸的整个过程，我已将xyz坐标文件的开头写上这根碳纳米管的原子个数，然后空一行，然后第一列是大写的C，第一步就是没拉伸的碳纳米管结构，第二步的结构就很乱，有些键应该断掉，但是还连着。是否在VMD中有断键的设置？
就是说两个原子超过多大距离以后就没有键了，不知道怎样能解决。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:35 ]

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1楼 2009-07-26 11:28:48

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childsliu

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引用回帖:

Originally posted by 0xiaobao at 2009-7-28 16:20:
请问2楼，如果我在Drawing Method选择CPK方法的话就没有设置distance cutoff这一项，还能有其它的方法吗？因为我觉得在观看动画的时候用CPK能更好的看到分子分解的过程。谢谢

我建议你在CPK中把Bond Radius 设置为0
然后Creat rep 选Dynamics Bonds 把 Bond Radius 设置为0.1
这样效果和CPK差不多