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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】VMD 显示的问题
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tangjikede

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】VMD 显示的问题

用vmd查看的坐标文件，如果是同一个个结构的连续变型，譬如说，碳纳米管的拉伸，要看到拉伸的整个过程，我已将xyz坐标文件的开头写上这根碳纳米管的原子个数，然后空一行，然后第一列是大写的C，第一步就是没拉伸的碳纳米管结构，第二步的结构就很乱，有些键应该断掉，但是还连着。是否在VMD中有断键的设置？
就是说两个原子超过多大距离以后就没有键了，不知道怎样能解决。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:35 ]
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1楼 2009-07-26 11:28:48
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-27 09:53
Graphics->Graphical Representattions-> Drawing Method -> DynamicsBonds
Distance Cutoff
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
2楼2009-07-26 12:29:25
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tangjikede

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-7-26 12:29:
Graphics->Graphical Representattions-> Drawing Method -> DynamicsBonds
Distance Cutoff

谢谢您，您是从哪里知道的？我找了好半天没找到。
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3楼2009-07-28 09:23:11
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0xiaobao

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
太感谢二楼了，我也再想这个问题，终于知道怎么办了
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4楼2009-07-28 16:08:36
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0xiaobao

金虫 (小有名气)
我想请问一下那个distance ？cutoff一般都设置为什么值比较好呢？ 谢谢
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5楼2009-07-28 16:10:36
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0xiaobao

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问2楼，如果我在Drawing Method选择CPK方法的话就没有设置distance cutoff这一项，还能有其它的方法吗？ 因为我觉得在观看动画的时候用CPK能更好的看到分子分解的过程。谢谢
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6楼2009-07-28 16:20:06
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的
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yuhuobuku(金币+3,VIP+0):欢迎参加讨论 7-30 21:10
引用回帖:
Originally posted by 0xiaobao at 2009-7-28 16:20:
请问2楼，如果我在Drawing Method选择CPK方法的话就没有设置distance cutoff这一项，还能有其它的方法吗？ 因为我觉得在观看动画的时候用CPK能更好的看到分子分解的过程。谢谢

我建议你在CPK中把Bond Radius 设置为0
然后Creat rep 选Dynamics Bonds 把 Bond Radius 设置为0.1
这样效果和CPK差不多
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
7楼2009-07-29 08:39:53
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0xiaobao

金虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-7-29 08:39:

我建议你在CPK中把Bond Radius 设置为0
然后Creat rep 选Dynamics Bonds 把 Bond Radius 设置为0.1
这样效果和CPK差不多

太谢谢你了。
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8楼2009-07-30 23:07:24
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
来学习的
看到有高手，很高兴，来对了地方啊
谢谢
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9楼2009-09-08 17:57:20
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luyongan

木虫 (小有名气)

VMD

★
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如何VMD的结果文件？好像保存之后，就不能再打开了！
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10楼2009-09-28 11:04:24
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