应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】VMD 显示的问题
51/1返回列表
查看: 1563  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

tangjikede

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】VMD 显示的问题

用vmd查看的坐标文件，如果是同一个个结构的连续变型，譬如说，碳纳米管的拉伸，要看到拉伸的整个过程，我已将xyz坐标文件的开头写上这根碳纳米管的原子个数，然后空一行，然后第一列是大写的C，第一步就是没拉伸的碳纳米管结构，第二步的结构就很乱，有些键应该断掉，但是还连着。是否在VMD中有断键的设置？
就是说两个原子超过多大距离以后就没有键了，不知道怎样能解决。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:35 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一性原理相关文档 我学习计算的一些帖子 VMD 可视化软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-07-26 11:28:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

0xiaobao

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-7-29 08:39:

我建议你在CPK中把Bond Radius 设置为0
然后Creat rep 选Dynamics Bonds 把 Bond Radius 设置为0.1
这样效果和CPK差不多

太谢谢你了。
回复此楼
8楼2009-07-30 23:07:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-27 09:53
Graphics->Graphical Representattions-> Drawing Method -> DynamicsBonds
Distance Cutoff
赞一下(13人) 回复此楼
下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
2楼2009-07-26 12:29:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tangjikede

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by childsliu at 2009-7-26 12:29:
Graphics->Graphical Representattions-> Drawing Method -> DynamicsBonds
Distance Cutoff

谢谢您，您是从哪里知道的？我找了好半天没找到。
赞一下 回复此楼
3楼2009-07-28 09:23:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

0xiaobao

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
太感谢二楼了，我也再想这个问题，终于知道怎么办了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2009-07-28 16:08:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 26申博 +4 八旬速览 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 268求调剂 +5 好运连绵不绝 2026-03-12 5/250 2026-03-17 10:12 by Sammy2
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 341求调剂 +5 捣蛋猪猪 2026-03-11 5/250 2026-03-17 06:56 by Muziwl
[基金申请] 国自科面上基金字体 +6 iwuli 2026-03-12 7/350 2026-03-16 21:18 by sculhf
[考研] 机械专硕325，寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +8 一鸭鸭哟 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:35 by 沐霖12138
[考研] 一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂 +5 Liwangman 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:10 by 我的船我的海
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +3 自由煎饼果子 2026-03-16 3/150 2026-03-16 14:10 by 运气yunqi
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 一志愿中科院，化学方向，295求调剂 +4 一氧二氮 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:35 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123！ 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 283求调剂，材料、化工皆可 +8 苏打水7777 2026-03-11 10/500 2026-03-13 09:06 by Linda Hu
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
[基金申请] 提交后的基金本子，已让学校撤回了，可否换口子提交 +3 dut_pfx 2026-03-10 3/150 2026-03-11 08:38 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭