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【求助】如何准备'receptor.msv'文件---用DS做dock
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从网上下了一个'PDB'文件,内含小分子,将小分子和水删除后,保存; 准备做对接;当在对其定义时,出现如下对话框: "The selected molecule contains alternate conformations. You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor";不知如何进行; 但有的PDB文件就没有,如1M52; 不知何故; 初学DS,有知道的内行,请帮忙告知: 1.下面如何做? 2. 什么原因? 多谢了! [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:27 ] |
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2楼2009-06-16 09:22:37
gwdavid
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3楼2009-06-16 12:55:01
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4楼2009-06-17 09:02:05
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我在做“定义蛋白配体”的时候，出现下述提示：“ The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation. Create a Valence Monitor from the Structure menu to highlight these atoms.“ 请问这是什么意思，如何解决？谢谢！ 另外，删除小分子和水，是不是就是在CELL里不勾选就可以啊？唉，苦于没有如SYBYL自带的教程可以对照着熟悉，请高手指点！ [ Last edited by Movchan on 2009-7-30 at 11:40 ] |
8楼2009-07-30 11:37:56
lijianyong
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9楼2009-07-31 15:45:03