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yaohua009

木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】如何准备'receptor.msv'文件---用DS做dock

从网上下了一个'PDB'文件,内含小分子,将小分子和水删除后,保存; 准备做对接;当在对其定义时,出现如下对话框:
"The selected molecule contains alternate conformations.
You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor";不知如何进行; 但有的PDB文件就没有,如1M52; 不知何故;
初学DS,有知道的内行,请帮忙告知:
1.下面如何做?
2. 什么原因?

多谢了!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:27 ]

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1楼 2009-06-16 09:17:55

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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎交流 6-17 10:10

我是做对接的，但不用dock，dock提示的错误也不是太熟，帮你顶一下吧

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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]

3楼2009-06-16 12:55:01

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yaohua009

木虫 (著名写手)

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对分子加力场时,出现如下对话框:"There was an error applying the forcefield: The molecule has alternative conformers, which cannot be typed by this forcefield.
You should remove the alternative conformers before typing.".

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2楼2009-06-16 09:22:37

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