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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何准备'receptor.msv'文件---用DS做dock
汕头大学海洋科学接受调剂
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yaohua009

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】如何准备'receptor.msv'文件---用DS做dock

从网上下了一个'PDB'文件,内含小分子,将小分子和水删除后,保存; 准备做对接;当在对其定义时,出现如下对话框:
"The selected molecule contains alternate conformations.
You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor";不知如何进行; 但有的PDB文件就没有,如1M52; 不知何故;
初学DS,有知道的内行,请帮忙告知:
1.下面如何做?  
2. 什么原因?

多谢了!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:27 ]
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1楼 2009-06-16 09:17:55
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童心

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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yuhuobuku(金币+2,VIP+0):谢谢意见 6-17 10:10
你下载的蛋白包含多构象，你在保存前需要“clean"掉，"Protein reports and utilities"下有个”clean“命令，再保存就ok了
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5楼2009-06-17 09:45:02
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yaohua009

木虫 (著名写手)
对分子加力场时,出现如下对话框:"There was an error applying the forcefield: The molecule has alternative conformers, which cannot be typed by this forcefield.
You should remove the alternative conformers before typing.".
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2楼2009-06-16 09:22:37
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
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yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎交流 6-17 10:10
我是做对接的，但不用dock，dock提示的错误也不是太熟，帮你顶一下吧
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2009-06-16 12:55:01
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guoyingnba

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎交流 6-17 10:10
你说的这个问题好像是DS里面的，DOCK里也有这样的问题啊？我知道在DS里面怎么解决。
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4楼2009-06-17 09:02:05
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