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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 小白求助~~水稻克隆基因全长
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钢盔1993

新虫 (初入文坛)

[交流] 小白求助~~水稻克隆基因全长

求助大神们~~~

水稻材料：一个育种材料
目标基因：Os*********
目的：克隆该基因全长

想询问，反转录后，进行PCR扩增时，这个引物该如何设计？
前期是根据参考基因组该基因的cDNA序列进行设计的，产物是1400bp左右。
但是跑出来只有200bp左右。

请问这种情况，可以直接根据参考基因组cDNA序列进行设计吗、？
还是必须使用其它的克隆方法？？

求求大神们了，已被困扰两月有余
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1楼 2019-06-12 10:25:30
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钢盔1993

新虫 (初入文坛)
大家不要光回复，请指导下可怜的我吧！

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6楼2019-06-13 12:40:30
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bobcanada

至尊木虫 (文坛精英)
★
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ding
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5楼2019-06-13 11:26:09
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zuiaixuexi

至尊木虫 (文坛精英)
★
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祝你成功
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8楼2019-06-13 14:52:29
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muzi0104

木虫 (知名作家)
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18楼2019-06-17 16:07:16
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huay13

铜虫 (初入文坛)
★
钢盔1993(金币+2): 谢谢参与
引物特异性不行吧，你设计完之后blast一下
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19楼2019-06-17 18:47:41
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disantiaolu

木虫 (文坛精英)
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20楼2019-06-18 20:46:19
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)
★
钢盔1993(金币+2): 谢谢参与
先看看你的引物设计的序列特性性高不高，去blast比对一下，看看是不是扩增到其他基因上去了。其次，转录的cDNA用的什么组织，哪个时期的，查下文献看下你要扩增的基因在哪个时期和部位表达量最高，看看是不是表达量过低引起的。
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钢盔1993
21楼2019-06-18 21:23:38
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钢盔1993

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
21楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2019-06-18 21:23:38
先看看你的引物设计的序列特性性高不高，去blast比对一下，看看是不是扩增到其他基因上去了。其次，转录的cDNA用的什么组织，哪个时期的，查下文献看下你要扩增的基因在哪个时期和部位表达量最高，看看是不是表达量 ...

好的！谢谢大神！我再追问一下，总而言之，如果引物设计没问题的话，这个克隆方法是没问题的吧！会不会存在我的品种基因型与参考基因组差别比较大所以克不出来呢
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22楼2019-06-20 15:27:09
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)
引用回帖:
22楼: Originally posted by 钢盔1993 at 2019-06-20 15:27:09
好的！谢谢大神！我再追问一下，总而言之，如果引物设计没问题的话，这个克隆方法是没问题的吧！会不会存在我的品种基因型与参考基因组差别比较大所以克不出来呢...

方法没有问题，不是引物的问题就是表达量低扩增不到的问题，如果你的品种没有参考基因组，就多找几个水稻品种的这个基因序列比对一下，看序列差别大不大。如果不大，说明不是品种基因型的问题。
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23楼2019-06-21 02:28:14
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time882楼
2019-06-12 12:07   回复  
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nono20093楼
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miaojiabing4楼
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xhmaohan7楼
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jiaoxg9楼
2019-06-13 15:41   回复  
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tzynew10楼
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M塞北11楼
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hbabc12楼
2019-06-14 06:47   回复  
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南国小城13楼
2019-06-14 07:58   回复  
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红尘赶路人14楼
2019-06-15 08:22   回复  
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Biotite15楼
2019-06-15 09:19   回复  
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胡小虾16楼
2019-06-16 11:33   回复  
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祝福
江南的竹17楼
2019-06-16 12:20   回复  
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