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钢盔1993

新虫 (初入文坛)

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[交流] 小白求助~~水稻克隆基因全长

求助大神们~~~

水稻材料：一个育种材料
目标基因：Os*********
目的：克隆该基因全长

想询问，反转录后，进行PCR扩增时，这个引物该如何设计？
前期是根据参考基因组该基因的cDNA序列进行设计的，产物是1400bp左右。
但是跑出来只有200bp左右。

请问这种情况，可以直接根据参考基因组cDNA序列进行设计吗、？
还是必须使用其它的克隆方法？？

求求大神们了，已被困扰两月有余

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1楼2019-06-12 10:25:30

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

钢盔1993

新虫 (初入文坛)

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送红花一朵

引用回帖:

21楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2019-06-18 21:23:38
先看看你的引物设计的序列特性性高不高，去blast比对一下，看看是不是扩增到其他基因上去了。其次，转录的cDNA用的什么组织，哪个时期的，查下文献看下你要扩增的基因在哪个时期和部位表达量最高，看看是不是表达量 ...

好的！谢谢大神！我再追问一下，总而言之，如果引物设计没问题的话，这个克隆方法是没问题的吧！会不会存在我的品种基因型与参考基因组差别比较大所以克不出来呢