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qPCR引物设计问题（急急急急急！）已有1人参与
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 请求各位虫友的帮助：本人即将要做qPCR—菌种定量的实验，我想的是针对目的菌株设计出特异性引物，其他杂菌不会扩增出相应的基因，请问要怎样设计这种类型的特异性引物呢，我看了很多硕博论文，还不是特别明白，希望虫友能够指点迷津，已经卡在这个点卡了一个多星期了，一直没有进展。 |
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2楼2019-04-09 09:25:34
王艳xinwei
银虫 (小有名气)
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西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2019-04-09 22:03:34
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2019-04-09 22:03:34
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你可以查找该目的菌种相关文献，最好找到全基因组序列，可以找到该菌种某些基因序列的登陆号，从ncbi中得到全序列，再利用引物设计软件设计特异性引物，一般定量引物比较短，扩增前段200pb左右；如果没有公布的目的基因全长或前段，你可以找其他菌种具有公开的基因全长设计非特性引物，再对你的目的菌进行扩增，测序，比对等鉴定过程；另一种方法就是设计某一基因的引物，做race获得基因全长，再设计定量引物；最后另一种方法就是拿钱让试剂公司做该菌种的转录组测序，在获得的结果中找到你感兴趣的基因设计定量引物！以上方法仅供参考！ 发自小木虫IOS客户端 |
3楼2019-04-09 09:47:39
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2019-05-29 22:54:35
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2019-05-29 22:54:35
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首先，尽可能先确定你的模板（如果是混合菌的话）有哪些，尽可能从ncbi 或者ucsc 找到 RNA 序列，一般已发表或者已上传的数据知道菌株信息都能找到。确定这些你就能确定特异性部分了，然后设计引物，推荐一个好用的在线软件https://sg.idtdna.com/site/accou ... uest%2FHome%2FIndex 希望有帮助 |
4楼2019-04-10 15:59:44
5楼2019-04-15 19:36:39
6楼2019-04-15 19:37:00
7楼2019-05-12 18:23:55
8楼2019-05-29 20:03:30
9楼2019-05-29 21:04:46